MỚI

Phương pháp chẩn đoán Helicobacter pylori và giải trình tự gen thế hệ mới

Ngày xuất bản: 20/08/2022

Theo Tổ chức Y Tế thế giới, nhiễm khuẩn HP là một trong những nguyên nhân chính gây viêm dạ dày, loét dạ dày tá tràng và ung thư dạ dày. Việc chẩn đoán chính xác nhiễm HP giúp điều trị và tiêu diệt loại vi khuẩn gây hại này cũng như phòng ngừa các bệnh đường tiêu hóa hiệu quả.

1. Tóm lược

Nhiễm khuẩn Helicobacter pylori (H. pylori – HP) rất phổ biến ở người và có thể dẫn đến các bệnh lý đường tiêu hóa nghiêm trọng bao gồm loét dạ dày và tá tràng, u lympho mô liên quan niêm mạc và ung thư biểu mô tuyến dạ dày. Trong những năm gần đây, sự gia tăng đáng báo động về tình trạng kháng kháng sinh và sau đó là thất bại của các liệu pháp điều trị H. pylori theo kinh nghiệm đã được ghi nhận trên toàn thế giới, cũng như ở nhiều nước châu Âu. Do đó, việc xác định, chẩn đoán bệnh nhanh chóng, kịp thời và chính xác tính nhạy cảm với kháng sinh của vi khuẩn H. pylori trước khi áp dụng các phác đồ điều trị trở nên quan trọng hơn bao giờ hết. Thông thường, việc phát hiện nhiễm khuẩn H.pylori và khả năng kháng thuốc của vi khuẩn HP được thực hiện bằng cách nuôi cấy và thử nghiệm độ nhạy cảm với kiểu hình kháng thuốc, vốn rất phức tạp với thời gian quay vòng dài. Những tiến bộ gần đây trong chẩn đoán cung cấp các công cụ mới, như phản ứng chuỗi polymerase thời gian thực (PCR) và xét nghiệm đầu dò dòng, để chẩn đoán nhiễm H. pylori và kháng vi khuẩn đối với một số loại kháng sinh, trực tiếp từ các bệnh phẩm lâm sàng. Hơn nữa, công nghệ giải trình tự toàn bộ bộ gen thế hệ mới cho phép phân tích nhanh bộ gen của mầm bệnh, do đó cho phép xác định các đột biến kháng thuốc và kháng kháng sinh liên quan. Trong phần đầu của bài viết này, chúng tôi sẽ giới thiệu tổng quan về các phương pháp chẩn đoán hiện có để phát hiện H. pylori và khả năng kháng thuốc của vi khuẩn cũng như việc thực hiện chúng trong quản lý H. pylori. Phần thứ hai của bài tổng quan tập trung vào việc sử dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới trong nghiên cứu H. pylori. Để đạt được mục tiêu này, chúng tôi đã tiến hành tìm kiếm tài liệu cho các bài báo nghiên cứu gốc bằng tiếng Anh sử dụng các thuật ngữ “Helicobacter”, “transcriptomic”, “transcriptome”, “giải trình tự gen thế hệ mới” và “toàn bộ bộ gen”. Đánh giá này nhằm mục đích thu hẹp khoảng cách giữa chẩn đoán hiện tại (mô học, xét nghiệm urease nhanh, nuôi cấy H. pylori, PCR và xét nghiệm đầu dò dòng) và các công nghệ giải trình tự mới và việc triển khai tiềm năng của việc chẩn đoán trong các phòng thí nghiệm chẩn đoán để bổ sung cho việc đưa ra khuyến nghị hiện nay, hướng dẫn theo dõi khi bị nhiễm khuẩn HP và sau đó cải thiện sức khỏe cộng đồng.

2. Lời khuyên

Mẹo cốt lõi: Với tình trạng kháng kháng sinh ngày càng gia tăng trên toàn thế giới ở vi khuẩn Helicobacter pylori (H.pylori), nên xác định kiểu hình kháng thuốc trước khi áp dụng các phác đồ điều trị bằng kháng sinh. Việc tìm kiếm tài liệu của chúng tôi đã tạo ra các nghiên cứu tập trung vào dự đoán kiểu hình kháng thuốc ở H. pylori dựa trên sự hiện diện của một số đột biến điểm nhất định trong bộ gen của vi khuẩn bằng công nghệ giải trình tự thế hệ mới (NGS). Do đó, công nghệ NGS có thể cho phép thực hiện thử nghiệm độ nhạy cảm của gen dược học nhanh chóng và chính xác trước khi sử dụng liệu pháp kháng sinh. Điều này có thể làm tăng tỷ lệ tiêu diệt vi khuẩn H. pylori và cuối cùng là cải thiện việc theo dõi bệnh tình.

3. Phòng ngừa Helicobacter pylori, dịch tễ học và kháng kháng sinh

3.1. Tỷ lệ nhiễm khuẩn HP thời điểm hiện tại và dịch tễ học

Khả năng lây nhiễm Helicobacter pylori (H. pylori) giai đoạn đầu xảy ra chủ yếu khi còn nhỏ và có thể tồn tại trong cơ thể suốt cuộc đời của một người[1]. Nhiễm H. pylori xuất hiện trên toàn thế giới, nhưng có sự khác biệt đáng kể về địa lý dẫn đến sự khác nhau về tỷ lệ nhiễm giữa các quốc gia [2]. Nhiều nghiên cứu đã chứng minh tình trạng kinh tế xã hội và nguồn gốc dân tộc của dân số có liên quan chặt chẽ đến tỷ lệ nhiễm H. pylori [3-5]. Ở Trung và Bắc Âu, tỷ lệ nhiễm H. pylori, những người nhập cư không phải là người châu Âu thường không bị nhiễm bệnh này, và tỷ lệ nhiễm khuẩn HP ở khu vực này vào khoảng 24% đến 32% [6-10]. Các nghiên cứu được thực hiện ở Thụy Sĩ cho thấy tỷ lệ nhiễm H. pylori là 12% -20% ở những bệnh nhân sinh ra ở Swit-zerland và tỷ lệ hiện nhiễm là 27% ở những người nhập cư [5,11]. H. pylori có thể được chia thành các quần thể tương đối khác biệt đặc trưng cho các khu vực địa lý rộng lớn: HpEurope, hpSahul, hpEastAsia, hpAsia2, hpNEAfrica, hpAfrica1 và hpAfrica2 [12-14]. Các quần thể H. pylori phổ biến nhất ở Châu Âu là hpEurope và hpNEAfrica [15].

3.2. Phương pháp chẩn đoán nhiễm Helicobacter pylori

Ở hầu hết các bệnh nhân, nhiễm H. pylori không có triệu chứng, nhưng nó có thể tiến triển thành các bệnh đường tiêu hóa khác nhau bao gồm viêm dạ dày mãn tính, loét dạ dày tá tràng hoặc tá tràng, ung thư biểu mô tuyến dạ dày và u lympho mô liên kết niêm mạc [16]. Do đó, đó là một thách thức đối với các bác sĩ khi quyết định xem ai nên xét nghiệm nhiễm H. pylori và ai cần điều trị. Nói chung, điều trị được khuyến cáo trong trường hợp phát hiện nhiễm H. pylori, ngay cả ở những bệnh nhân bị viêm dạ dày do H. pylori không triệu chứng [17,18]. Điều này được hỗ trợ bởi các kết quả từ việc xem xét hệ thống sáu thử nghiệm ngẫu nhiên đánh giá liệu pháp tiệt diệt H. pylori để ngăn ngừa ung thư dạ dày ở những người khỏe mạnh không có triệu chứng cho thấy tỷ lệ mắc ung thư dạ dày giảm đáng kể [19]. Tuy nhiên, kết luận này chủ yếu dựa trên kết quả của một thử nghiệm can thiệp, có đối chứng với giả dược được thực hiện ở Trung Quốc [20], một quốc gia có tỷ lệ mắc bệnh ung thư dạ dày cao. Do đó, cần có các nghiên cứu sâu hơn ở các nước có tỷ lệ ung thư dạ dày thấp để đánh giá hiệu quả chi phí lâu dài của các can thiệp như vậy. Tại Vương quốc Anh, hai thử nghiệm có đối chứng với giả dược đã tiến hành một chương trình sàng lọc và điều trị H. pylori trong dân số chung để giảm chứng khó tiêu ở bệnh nhân được điều trị [21,22]. Mặc dù vậy, các chuyên gia kết luận rằng các chiến lược loại trừ có mục tiêu ở những bệnh nhân khó tiêu có thể phù hợp hơn. Do đó, câu hỏi chính trong thực hành lâm sàng vẫn là: Ai nên được xét nghiệm và điều trị hậu quả? Dựa trên nghiên cứu gần đây, các hướng dẫn hiện hành (tức là, báo cáo đồng thuận thứ năm của Maastricht / Florence [23]) khuyến nghị xét nghiệm nhiễm H. pylori trong các tình huống được mô tả trong Bảng.

Bệnh nhân trưởng thành ở các nước công nghiệp đã được điều trị nhiễm H.pylori thành công hiếm khi có biểu hiện tái nhiễm (tỷ lệ tái nhiễm là 2%) [24]. Do đó, điều trị đầy đủ lộ trình hứa hẹn mang lại  hiệu quả cao (xem chương tiếp theo để biết các lựa chọn liệu pháp kháng sinh) mà không tái phát nhiễm H. pylori. Tuy nhiên, có những thách thức lớn trong việc điều trị nhiễm H. pylori bao gồm tăng khả năng kháng thuốc kháng sinh, sẽ được thảo luận chi tiết trong phần tiếp theo và việc tuân thủ điều trị. Một nghiên cứu được thực hiện ở Thụy Sĩ cho thấy rằng khoảng 89% bệnh nhân được điều trị được coi là “tuân thủ tốt”, có nghĩa là họ tiêu thụ hơn 85% liều lượng được chỉ định [25]. Trong nghiên cứu này, việc tiêu diệt vi khuẩn H. pylori có tỷ lệ nghịch với việc tuân thủ điều trị kém (P = 0,029) và lý do chính mà bệnh nhân không tuân thủ điều trị được đề cập là tác dụng phụ. Liệu pháp kháng sinh thực sự có những tác dụng phụ ngắn hạn, không đáng kể như tiêu chảy, buồn nôn, nôn, chướng bụng và / hoặc đau bụng. Hơn nữa, nó đã được chứng minh và cũng nhận được sự chú ý của giới truyền thông rằng việc điều trị bằng kháng sinh có thể làm thay đổi sự phong phú và đa dạng của hệ vi sinh vật đường ruột [26,27], có thể khiến bệnh nhân có ý thức về sức khỏe không thể tiếp tục điều trị bằng kháng sinh.

3.3. Kháng kháng sinh ở Helicobacter pylori

Phương pháp điều trị hiệu quả duy nhất hiện có để chống lại nhiễm H. pylori bao gồm sử dụng thuốc kháng sinh. Các cơ chế chính của sự phát triển kháng kháng sinh ở H. pylori bao gồm các đột biến làm suy giảm khả năng liên kết các ribosome của thuốc kháng sinh và cản trở quá trình tổng hợp protein; đột biến ảnh hưởng đến quá trình sao chép và phiên mã DNA; đột biến làm thay đổi protein liên kết penicillin, tham gia vào quá trình sinh tổng hợp peptidoglycan [28]. Vì H. pylori dễ dàng gia tăng tình trạng kháng thuốc với các loại kháng sinh đơn lẻ, nên điều trị kết hợp nhiều loại kháng sinh. Việc kết hợp các loại kháng sinh được sử dụng trong điều trị nên phụ thuộc vào tỷ lệ kháng thuốc tại địa phương được ước tính ở chính quốc gia đó. Tình trạng đề kháng nguyên phát và mắc phải đối với clarithromycin và metronidazole đã gia tăng trên toàn cầu trong những năm qua, làm giảm hiệu quả của phác đồ điều trị đầu tiên thông thường và gia tăng tính kém hiệu quả trong điều trị do các chủng H. pylori kháng thuốc [29-33]. Đặc biệt, tình trạng kháng clarithromycin tăng nhanh ở một số quốc gia, đạt 30% ở Nhật Bản và lên đến 50% ở Trung Quốc [32]. Cũng ở châu Âu, xu hướng kháng clarithromycin ngày càng tăng ở H. pylori có thể được quan sát với tỷ lệ kháng clarithromycin tổng thể là 17% [34]. Tuy nhiên, tỷ lệ kháng clarithromycin thay đổi từ 21% ở Áo đến 6% ở Phần Lan và Hà Lan [10,35]. Điều này cho thấy tình trạng kháng clarithromycin có sự thay đổi mạnh mẽ giữa các nước láng giềng Châu Âu, nhấn mạnh sự cần thiết phải kiểm tra tình trạng kháng thuốc riêng biệt ở từng khu vực địa lý để có hướng dẫn các phác đồ điều trị theo kinh nghiệm được phù hợp và hiệu quả. Kháng metronidazole, mặc dù không quan trọng bằng kháng clarithromycin nhưng cũng làm giảm đáng kể hiệu quả điều trị của phác đồ bộ ba tiêu chuẩn [36]. Nhìn chung, tỷ lệ kháng metronidazole ngày càng tăng ở nhiều nước châu Âu [34,37-40], dao động từ 14% đến 33% ở châu Âu [41-46]. Xu hướng chung hướng tới việc gia tăng tình trạng đề kháng với kháng sinh hàng đầu ở H. pylori đã thúc giục các bác sĩ điều trị kê đơn các phác đồ điều trị thay thế bao gồm tetracycline với PPI và muối bismuth hoặc sử dụng phác đồ điều trị dựa trên levofloxacin hoặc rifabutin [23,47,48 ]. Tuy nhiên, các phác đồ này yêu cầu bệnh nhân tuân thủ cao vì liệu pháp kháng sinh bao gồm nhiều viên nén phải được uống hàng ngày trong khoảng từ 10 đến 14 ngày [49]. Bệnh nhân không tuân thủ đầy đủ liệu pháp kháng sinh dẫn đến sự phát triển thêm đề kháng ở H. pylori. Mặc dù kháng levofloxacin chưa được nghiên cứu rộng rãi như kháng clarithromycin và metronidazole, nhưng cũng có xu hướng đề kháng levofloxacin tiên phát và thứ phát cao ở H. pylori [35,38-40,50]. Ngược lại, sự đề kháng với amoxicillin và tetracycline dường như không đáng kể ở H. pylori (0 đến 2%) ở các nước Châu Âu [35,40,51-53]. Mặc dù tình trạng kháng tetracycline dường như chưa đáng báo động ở Tây Âu, nhưng tỷ lệ kháng thuốc cao từ 5% đến 19% ở các nước Đông Âu và châu Á [54,55], nhấn mạnh sự cần thiết phải ngăn chặn sự lây lan thêm ở H. pylori. Do đó, tương tự như đối với phác đồ tiệt diệt H. pylori bậc một, việc sử dụng liệu pháp kháng sinh thay thế, đặc biệt là khi dựa trên levofloxacin, cần được hướng dẫn bởi các mô hình kháng thuốc theo khu vực và bệnh nhân cụ thể và kiến ​​thức về hiệu quả tại chỗ.

3.4. Chẩn đoán nhiễm HP

Có một số phương pháp chẩn đoán để phát hiện nhiễm H. pylori, được phân loại thành các phương pháp xâm lấn và không xâm lấn tùy thuộc vào nhu cầu lấy sinh thiết dạ dày của bệnh nhân. Để phát hiện H. pylori, nội soi được sử dụng kết hợp với mô học và / hoặc nuôi cấy từ mẫu sinh thiết dạ dày. Hạn chế chính của phương pháp nội soi là tính xâm lấn tương đối và chỉ có thể chẩn đoán một phần nhỏ của niêm mạc dạ dày. Do đó, đánh giá nhiều mẫu sinh thiết dạ dày là cần thiết để cung cấp hình ảnh toàn diện về nhiễm H. pylori trong dạ dày [56,57]. Khi có chỉ định nội soi, H.pylori có thể được phát hiện bằng mô học, xét nghiệm urease nhanh (RUT), nuôi cấy và xét nghiệm dựa trên phản ứng chuỗi polymerase (PCR) bằng cách sử dụng mẫu sinh thiết dạ dày [58,59]. Độ chính xác của phương pháp mô học phụ thuộc vào một số yếu tố như kinh nghiệm của bác sĩ, mật độ khu trú H. pylori trong niêm mạc dạ dày, chất lượng và số lượng của bệnh phẩm và đánh giá chủ quan về những thay đổi của mô.

Xét nghiệm urease nhanh để kiểm tra vi khuẩn HP dạ dày (|RUT) dựa trên việc phát hiện urê do H. pylori sản xuất và kết quả thu được trong vòng vài phút đến vài giờ. RUT là một xét nghiệm chi phí thấp, nhanh chóng và thường có độ đặc hiệu cao, nhưng độ nhạy của nó bị ảnh hưởng nếu dưới 104 tế bào vi khuẩn trong sinh thiết dạ dày, rất có thể dẫn đến kết quả âm tính giả. Trong một số trường hợp, độ đặc hiệu của RUT có thể bị ảnh hưởng tiêu cực bởi sự hiện diện của các vi khuẩn sản xuất urease khác như Staphylococcus capitis urealiticum trong dạ dày cho ra kết quả xét nghiệm dương tính giả [60]. Các RUT có bán trên thị trường (ví dụ, HpFast, CLOTest, HpOne) đã cho thấy độ đặc hiệu từ 95% đến 100%, nhưng độ nhạy của chúng ở mức trung bình (85% đến 95%) [17,61,62].

Việc phân lập và nuôi cấy thành công H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dày là một công việc đầy thách thức bị ảnh hưởng bởi một số yếu tố như chất lượng của bệnh phẩm, sự xuất hiện của hệ vi sinh vật đồng bộ trong bệnh phẩm để xét nghiệm, khoảng thời gian giữa lấy mẫu và nuôi cấy và điều kiện vận chuyển không thích hợp (nhiệt độ, thời gian tiếp xúc với không khí, v.v.). Hơn nữa, việc nuôi cấy H. pylori đòi hỏi nhân viên phòng thí nghiệm được đào tạo chuyên sâu và mất đến 7 ngày cho đến khi mẫu cho kết quả âm tính và tối đa 2 tuần cho đến khi H. pylori phát triển và có thể cung cấp kháng sinh đồ cho bác sĩ điều trị. Nuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dày thường có độ nhạy cao hơn 90% và độ đặc hiệu là 100%, khi được thực hiện trong điều kiện tối ưu [63]. Việc nuôi cấy H. pylori từ các bệnh phẩm xét nghiệm thu được bằng các thủ thuật không xâm lấn, chẳng hạn như dịch dạ dày, nước bọt và phân, là một thách thức và bị cản trở bởi độ nhạy thấp [64-66], và do đó không được khuyến cáo trong chẩn đoán thường quy [67]. Với sự xuất hiện trên toàn cầu của các chủng H. pylori kháng kháng sinh và sau đó là các liệu pháp đầu theo kinh nghiệm ngày càng thất bại, nuôi cấy vi khuẩn và xét nghiệm độ nhạy cảm với thuốc (DST) vẫn là một phương pháp chẩn đoán quan trọng để giám sát vấn đề kháng kháng sinh và quản lý các trường hợp thất bại khi điều trị bằng kháng sinh. Tuy nhiên, không nên làm DST kiểu hình đầy đủ trước khi tiến hành điều trị ban đầu vì: (1) Cần phải thực hiện nội soi xâm lấn để lấy bệnh phẩm sinh thiết dạ dày từ bệnh nhân; (2) Tốn nhiều thời gian và chi phí; và (3) Các phương pháp dựa trên phân tử, ít xâm lấn hơn cũng có thể phát hiện ra tình trạng kháng clarithromycin mà tạm thời là nguyên nhân chính dẫn đến thất bại điều trị theo kinh nghiệm ở các nước Châu Âu.

Do những hạn chế này, nhiều nỗ lực đã được thực hiện để phát triển các phương pháp chẩn đoán không xâm lấn tránh nội soi. Thông thường, các xét nghiệm không xâm lấn để phát hiện H. pylori bao gồm xét nghiệm kháng nguyên phân, huyết thanh và xét nghiệm urê qua hơi thở (UBT) [68,69]. Các xét nghiệm kháng nguyên đã được sử dụng rộng rãi để phát hiện H. pylori trong các bệnh phẩm lâm sàng như dịch dạ dày, nước bọt, nước tiểu và phân [70-72]. Tuy nhiên, các phương pháp phát hiện kháng nguyên có thể có độ đặc hiệu và độ nhạy kém [70,71,73]. Các xét nghiệm kháng nguyên phân khác nhau đã được phát triển để phát hiện H. pylori trong mẫu phân với độ nhạy và độ đặc hiệu từ 85% đến 95% [17]. UBT là xét nghiệm tại điểm chăm sóc được sử dụng thường xuyên nhất tại phòng khám với độ nhạy và độ đặc hiệu từ 85% đến 95% [17,74].

Một hạn chế của các phương pháp chẩn đoán không xâm lấn đã được trình bày trước đó là chúng chỉ có thể phát hiện H. pylori nhưng không cung cấp thông tin về tính nhạy cảm với thuốc của vi khuẩn này. Với tỷ lệ kháng clarithromycin ngày càng tăng ở H.pylori, các phương pháp nhanh chóng và chính xác có thể phát hiện đồng thời H. pylori và đánh giá tính nhạy cảm với clarithromycin của nó mang lại giá trị gia tăng cao [10,44,75]. Trong phần lớn trường hợp, kháng clarithromycin ở H. pylori là do ba đột biến điểm đơn lẻ (A2146C, A2146G và A2147G) trong gen 23S rRNA có thể được phát hiện chính xác bằng PCR [76-79]. Hiện tại, có một số xét nghiệm phân tử có sẵn để phát hiện H. pylori và kháng clarithromycin, chẳng hạn như H. pylori ClariRes (Ingenetix, Vienna, Áo), Allplex H. pylori và ClariR (Seegene, Hàn Quốc), Lightmix® H. pylori (TIBMolbiol, Đức) và xét nghiệm PCR thời gian thực H.pylori Taqman® (Meridian Bioscience, Hoa Kỳ). Các xét nghiệm này hầu hết kết hợp PCR thời gian thực với phân tích đường cong nóng chảy và là phương pháp phân tử có độ đặc hiệu cao và nhanh chóng (dưới 2 giờ) có thể được áp dụng cho sinh thiết dạ dày và mẫu phân [77,78]. Hơn nữa, họ có thể phân biệt ba đột biến điểm phổ biến nhất (A2146G, A2147G và A2146C) trong gen 23S rRNA, cho phép phân biệt kiểu gen kháng clarithromycin mức độ thấp và mức độ cao [77]. Tuy nhiên, một số nghiên cứu cho thấy độ nhạy khá thấp (từ 63% đến 84%) phát hiện H. pylori từ mẫu phân bằng xét nghiệm ClariRes khi so sánh với xét nghiệm kháng nguyên trong phân và nuôi cấy H. pylori từ mẫu sinh thiết dạ dày [80-82]. Một nghiên cứu khác xác nhận xét nghiệm PCR thời gian thực của H. pylori Taqman® trong mẫu phân cho thấy độ nhạy cao hơn 93,8% [79]. Do đó, việc phát hiện H. pylori và kháng clarithromycin trực tiếp từ mẫu phân có thể phụ thuộc rất nhiều vào phương pháp tách chiết DNA và xét nghiệm PCR. Do đó, không có công bố chung nào về hiệu quả chẩn đoán của PCR từ phân có thể được đưa ra. Tuy nhiên, một hạn chế của các xét nghiệm PCR là chúng chỉ có thể cung cấp thông tin về khả năng kháng clarithromycin. Hiện tại, chỉ có một xét nghiệm thăm dò dòng (xét nghiệm Genotype HelicoDR; Hain Life Sciences, Đức) hiện nay cho phép phát hiện các đột biến điểm phổ biến nhất trong rRNA 23S (A2146G, A2147G và A2146C) và gen gyrA (N87K, D91G, D91N, D91Y) để xác định tính nhạy cảm với clarithromycin và levofloxacin tương ứng. Xét nghiệm Genotype HelicoDR đã cho thấy việc phát hiện chính xác H. pylori và kháng clarithromycin từ các mẫu sinh thiết dạ dày [83], nhưng sự phù hợp thấp giữa việc phát hiện H. pylori và kháng clarithromycin từ sinh thiết và mẫu phân đã được tìm thấy [84]. Hơn nữa, xét nghiệm Genotype HelicoDR có thời gian quay vòng lâu hơn 6 giờ so với xét nghiệm PCR thời gian thực.

Tóm lại, xét nghiệm phân tử không xâm lấn từ phân sẽ có những ưu điểm sau: (1) Không cần nội soi xâm lấn; (2) Các mẫu vật có thể được lưu trữ lâu hơn và không cần xử lý ngay lập tức; (3) Có thể thực hiện nhiều đợt mẫu; (4) Việc phát hiện H.pylori và sàng lọc tính nhạy cảm với clarithromycin kiểu gen có thể được thực hiện trong vòng một ngày làm việc (<4 giờ); (5) Có thể phát hiện được dị ứng trong bệnh phẩm khi có nhiều hơn một chủng H. pylori trong bệnh phẩm; (6) Tách chiết DNA tự động và phân tích PCR thời gian thực mang lại mức độ tiêu chuẩn hóa và khả năng tái tạo cao. Tuy nhiên, cần có các nghiên cứu sâu hơn để đánh giá hiệu suất chẩn đoán của các quy trình tách chiết DNA được tối ưu hóa và PCR phân không xâm lấn (nhắm mục tiêu lý tưởng vào gen 23S rRNA và gyrA) so với DST kiểu hình dựa trên nuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dày.

3.5. Điều trị H. pylori và Prophylaxis

Vì liệu pháp kháng sinh H. pylori chủ yếu dựa trên clarithromycin, nên kháng clarithromycin là yếu tố quyết định chính của việc điều trị bằng kháng sinh: Ở các quốc gia có tỷ lệ kháng clarithromycin thấp (tức là dưới 15%), phác đồ tiêu chuẩn hàng đầu hiện nay để tiệt trừ H. pylori là proton Liệu pháp ba thuốc dựa trên chất ức chế bơm (PPI) (với clarithromycin kết hợp với metronidazole hoặc amoxicillin) hoặc liệu pháp bốn thuốc bismuth [23,85,86]. Liệu pháp dòng thứ hai sau đó nên là bộ bốn bismuth (nếu không được sử dụng như liệu pháp hàng đầu) hoặc liệu pháp bộ ba có chứa fluoroquinolon. Lựa chọn liệu pháp dòng thứ ba cần phải hướng dẫn bởi DST kiểu hình hoặc xác định kiểu gen về kháng thuốc (chi phí liên quan cho liệu pháp kháng sinh được liệt kê trong Bảng 22 và Bảng 3; 3; giá thuốc gần đúng từ Đức).

Ở những nước có tình trạng kháng clarithromycin cao (tức là trên 15%), nên xem xét tình trạng kháng metronidazole, mặc dù điều này ít liên quan hơn về mặt lâm sàng. Nếu tình trạng kháng metronidazole thấp, có thể áp dụng liệu pháp bộ ba gồm PPI, amoxicillin và metronidazole. Nếu tình trạng kháng kép của clarithromycin và metronidazole thấp, nên sử dụng bộ 4 bismuth hoặc đồng thời với bộ 4 không bismuth. Tuy nhiên, nếu tình trạng kháng kép cao, nên sử dụng liệu pháp điều trị bốn thuốc chứa bismuth [23].

Vắc xin phòng ngừa H. pylori gần đây mới được xem xét. Ở các mô hình động vật, việc tiêm phòng ban đầu đã thử miễn dịch bằng đường uống với dịch phân giải vi khuẩn H. pylori và độc tố tả làm tá dược [87]. Sau đó, các hệ thống phân phối qua đường mũi và trực tràng cho phép giảm lượng kháng nguyên tinh sạch cần thiết so với phương pháp tiêm chủng bằng đường uống. Với cơ chế hoạt động được đề xuất liên quan đến hệ thống miễn dịch tế bào [88], việc tiêm chủng đường tiêm với kháng nguyên H. pylori đã được chứng minh có thể ngăn ngừa đáng kể sự lây nhiễm HP ở chuột [89]. Tuy nhiên, mặc dù các thử nghiệm lâm sàng trên người về việc chủng ngừa với protein H. pylori đã cho thấy các cơ chế miễn dịch thích ứng, vắc xin không thể giảm lượng vi khuẩn một cách nhất quán [90]. Cần có thêm nhiều nghiên cứu hơn về vấn đề này

Do tình trạng kháng kháng sinh ngày càng tăng và các tác dụng phụ của thuốc kháng sinh, các liệu pháp thay thế đang rất được quan tâm. Probiotics đã được chứng minh là có tác dụng tích cực đối với tỷ lệ tiệt trừ, ngăn ngừa các phản ứng có hại và tiêu chảy do kháng sinh khi kết hợp với các liệu pháp điều trị. Một đánh giá hệ thống gần đây và phân tích tổng hợp về probiotics như một liệu pháp bổ trợ cho thấy 19 thử nghiệm ngẫu nhiên có đối chứng, tất cả đều cho thấy tác dụng tích cực trên ít nhất một trong các khía cạnh nêu trên [91]. Tuy nhiên, có vẻ như số lượng phân tích tổng hợp về chủ đề này vượt quá số lượng xuất bản ban đầu, ngay cả trong cách làm được kiểm soát ngẫu nhiên cho thấy phương sai chi tiết lớn [92]. Điều thú vị là, một phân tích tổng hợp lớn và được thực hiện tốt cho thấy liều lượng, thời gian, số chủng và thời gian điều trị kháng sinh của probiotic không ảnh hưởng đến hiệu quả [93], làm giảm tính hợp lý khoa học của can thiệp này dựa trên các công bố hiện tại. Mối quan hệ đồng thuận thứ năm của Maastricht / Florence thừa nhận men vi sinh có lợi trong báo cáo của mình, nhưng đánh giá mức độ bằng chứng từ thấp đến trung bình với mức khuyến nghị không cao. Điều đó nói lên rằng, chỉ riêng chế phẩm sinh học, không kết hợp với kháng sinh, không được chứng minh là có thể diệt trừ H. pylori một cách hiệu quả [94]. Chúng tôi cũng như những người khác kết luận rằng “chắc chắn cần thêm dữ liệu để đánh giá hiệu quả trực tiếp của chế phẩm sinh học chống lại H. pylori” [23].

Rễ cam thảo là một sản phẩm thực vật thường xuyên được sử dụng trong y học Trung Quốc. Nó có đặc tính giải độc, chống đông máu, chống viêm, chống virus và chống ung thư [95]. Một thử nghiệm ngẫu nhiên có đối chứng trên 120 bệnh nhân khó tiêu dương tính với H. pylori (có hoặc không có loét dạ dày tá tràng) đã đánh giá tác dụng của cam thảo cùng với phác đồ 3 thuốc dựa trên clarithromycin. Điều này cho thấy ở nhóm dùng cam thảo đáp ứng điều trị là 83,3% so với nhóm đối chứng là 62,5% (P = 0,018). Khi phân biệt giữa bệnh loét dạ dày tá tràng và chứng khó tiêu không do loét, đáp ứng điều trị tốt hơn đáng kể chỉ được quan sát thấy ở bệnh nhân loét dạ dày tá tràng (P = 0,034) [96].

Một số sản phẩm có nguồn gốc thực vật khác được sử dụng để điều trị rối loạn tiêu hóa. Một số trong số các dược liệu đã được đề cập có ảnh hưởng đến nhiễm nhiễm khuẩn H. pylori như tỏi, nước ép nam việt quất, rau oregano hoặc mầm bông cải xanh (danh sách không đầy đủ) [97]. Tuy nhiên, một số nghiên cứu đã xác định thành phần hoạt chất hoặc cơ chế hoạt động và liều lượng / đáp ứng hoặc mức độ phơi nhiễm vẫn chưa được chứng minh. Các tác động của sự kháng thuốc đối với hiệu quả của các tác nhân điều trị bằng phyto phải được giải quyết. Hơn nữa, một bài báo đã đề cập đến khả năng điều trị thể thực khuẩn chống lại H. pylori [98].

3.6. Giải trình tự gen thế hệ mới và H. pylori

Để có cái nhìn tổng quan về các nghiên cứu nghiên cứu ban đầu tập trung vào đặc điểm của vi khuẩn H. pylori bằng giải trình tự thế hệ mới (NGS), tìm kiếm tài liệu PubMed MEDLINE và EMBASE đã được thực hiện mà không có bất kỳ ràng buộc nào về thời gian. Tiêu chí đưa vào: (1) Bản thảo nghiên cứu gốc; (2) Đặc điểm của các chủng H. pylori ở người dựa trên các biểu hiện lâm sàng; (3) Sử dụng công nghệ giải trình tự thế hệ thứ hai và / hoặc thứ ba. Tiêu chí loại trừ: (1) Nhận xét, quy trình thực hiện, nhận xét, thư từ; (2) Đặc điểm của các phân lập H. pylori không phải ở người; (3) Bản thảo nghiên cứu gốc không sử dụng công nghệ giải trình tự thế hệ thứ hai hoặc thứ ba. Đầu tiên, thuật ngữ “Helicobacter pylori AND transcriptome OR transcriptomic” đã được tìm kiếm và mang lại 134 kết quả, trong đó 12 bài báo nghiên cứu ban đầu đáp ứng các tiêu chí đưa vào (Bảng (Bảng 4) .4). Thứ hai, tìm kiếm PubMed, MEDLINE và EMBASE sử dụng cụm từ “Helicobacter pylori và giải trình tự thế hệ mới” đã được thực hiện với 102 kết quả, trong đó 19 kết quả đáp ứng các tiêu chí đưa vào (Bảng (Bảng5) .5). Và cuối cùng, tìm kiếm PubMed, MEDLINE và EMBASE với cụm từ “Helicobacter pylori và giải trình tự toàn bộ bộ gen” đã được thực hiện với 89 kết quả, trong đó 15 kết quả đáp ứng các tiêu chí đưa vào (Bảng (Bảng 66)).

Việc tìm kiếm tài liệu hầu hết mang lại các nghiên cứu cơ bản điều tra cơ chế cơ bản ở H. pylori như sự hiện diện của các gen liên quan đến độc lực của vi khuẩn [99-104] và sự hình thành màng sinh học [105,106], đặc điểm của metylase [107], nudix hydrolases [108], hệ thống điều chỉnh hạn chế (R-M) [109], ribonucleaza exo và endo [110]; và phản ứng phiên mã của H. pylori khi tiếp xúc với các nồng độ muối khác nhau [111], điều kiện pH khác nhau [112], sốc nhiệt [113] và các tác nhân hóa học như bismuth [114] và niken [115]. Hầu hết các nghiên cứu này ban đầu làm cạn kiệt RNA ribosome, hoặc sử dụng phương pháp điều trị suy giảm rRNA của sinh vật nhân chuẩn RiboZero (Epicenter, Illumina) [112,113,116] hoặc phương pháp lai bắt gen có sửa đổi rRNA [110], và thực hiện giải trình tự trên nền Illumina (Illumina, Hoa Kỳ). Nhiều nghiên cứu có tính ứng dụng hơn tập trung vào hai chủ đề chính: Thành phần của cộng đồng vi sinh vật đường ruột ở bệnh nhân có bệnh lý đường tiêu hóa liên quan tới nhiễm khuẩn H. pylori [117-123] hoặc mối liên quan giữa kiểu gen và kiểu hình kháng thuốc ở H. pylori [124-133].

Việc đánh giá hệ vi sinh vật đường ruột của con người về sức khỏe và bệnh tật là một chủ đề nóng trong y khoa. Những thay đổi trong thành phần vi sinh vật đường ruột sau khi nhiễm H. pylori có thể gây bệnh và các rối loạn khác nhau. Tuy nhiên, các nghiên cứu điều tra những thay đổi trong thành phần cộng đồng vi sinh vật sau khi nhiễm H. pylori đã tạo ra những kết quả trái ngược nhau. Trong khi một số nghiên cứu không thể phát hiện bất kỳ thay đổi đáng kể nào trong thành phần phân loại của hệ vi sinh vật đường ruột [134-136], các nghiên cứu sử dụng công nghệ NGS đã báo cáo sự gia tăng sự phong phú của các họ Xanthomonadaceae và Enterobacteriaceae, và các chi Spirochaetae, Streptococcus, Lactobacillus, Granulicatella, Prevotella và Veillonella để phản ứng với nhiễm H. pylori [137-139]. Hơn nữa, một số nghiên cứu cho thấy việc sử dụng kháng sinh để diệt trừ H. pylori đã ảnh hưởng đến sự gia tăng của cộng đồng vi sinh vật đường ruột và làm thay đổi sự đa dạng của vi sinh vật [140-142]; đa dạng loài được phục hồi về mức trước khi xử lý khi theo dõi lâu dài [141,142]. Điều này khuyến khích việc tính toán chỉ số rối loạn vi sinh vật dựa trên sự phong phú của các đơn vị phân loại vi sinh vật đường ruột nhất định ở bệnh nhân nhiễm H. pylori [143]. Chỉ số rối loạn sinh học cho phép phân biệt các bệnh nhân với các bệnh lý đường tiêu hóa liên quan đến H. pylori khác nhau [138], và có thể giúp hướng dẫn bệnh nhân nhận thức rõ hơn.

Một hạn chế của việc sử dụng các kỹ thuật dựa trên DNA để xác định số lượng vi khuẩn và tính toán chỉ số loạn khuẩn là tất cả các vi sinh vật có trong ruột người đều được phát hiện, bao gồm cả vi khuẩn chết và nhiễm DNA (ví dụ, từ việc lấy mẫu không cẩn thận, không vô trùng quy trình phòng thí nghiệm hoặc từ các hóa chất chiết xuất và giải trình tự). Ngược lại, sử dụng meta-transcriptomics chỉ cho phép điều tra tỷ lệ khả thi và hoạt động phiên mã của cộng đồng vi sinh vật đường ruột của con người. Một nghiên cứu được thực hiện gần đây của Thorell và cộng sự [116] đã chứng minh một cách độc đáo rằng meta-transcriptomics là một phương pháp rất nhạy có thể áp dụng trực tiếp trên các mẫu sinh thiết dạ dày. Họ phát hiện ra rằng sinh thiết dạ dày từ những bệnh nhân ban đầu được phân loại là H. pylori không bị nhiễm bằng các phương pháp thông thường, có chứa H. pylori đang nhân lên với số lượng lớn, mặc dù với số lượng thấp hơn so với các mẫu sinh thiết ban đầu được ghi là H. pylori dương tính. Điều này cho thấy H. pylori có thể xuất hiện với số lượng ít ở các cá thể, trong đó các phương pháp thông thường không phát hiện được H.pylori. Sẽ rất thú vị khi kiểm tra xem những bệnh nhân này có phát triển nhiễm H. pylori ở giai đoạn sau hay không và những trường hợp nào có thể kích hoạt hoặc tăng khả năng nhiễm trùng. Hơn nữa, sẽ rất thú vị nếu điều trị bằng probiotic ở những bệnh nhân này sẽ làm giảm quần thể H. pylori hoạt động phiên mã xuống mức không thể phát hiện được, có khả năng ngăn ngừa sự phát triển của bệnh.

Các nghiên cứu khác được xác định trong tổng quan tài liệu của chúng tôi tập trung vào việc sử dụng công nghệ NGS để phát hiện các đột biến kháng thuốc ở H. pylori và sự hình thành của chúng với sự kháng thuốc kiểu hình [124-133]. Nói chung, những nghiên cứu này chỉ ra rằng kháng clarithromycin dựa trên đột biến điểm ở vị trí nucleotide A2146 và A2147 trong gen 23S rRNA [125-127,133]. Các đột biến bổ sung ở rpl22 và infB đã được chỉ ra ở các chủng H. pylori kháng clarithromycin mà không có 23S rRNA mu-tation [126,127]. Tuy nhiên, một số lo ngại về phương pháp luận cần được xem xét. Đầu tiên, nên sử dụng nhiều mẫu sinh thiết dạ dày để nuôi cấy H. pylori nhằm tăng cường độ nhạy và phát hiện các quần thể phụ H. pylori. Thứ hai, nên chọn nhiều khuẩn lạc từ các tấm thạch để tách chiết DNA và chuẩn bị thư viện để không bỏ sót các quần thể phụ kháng thuốc. Thứ ba, các chủng H. pylori nên được giải trình tự với độ che phủ đủ để phát hiện tình trạng dị kháng. Thứ tư, nhiều chủng H. pylori nhạy cảm và kháng thuốc nên được giải trình tự để phân biệt các đa hình xuất hiện tự nhiên với các đột biến có khả năng gây kháng thuốc.

Kháng levofloxacin ở H. pylori được phát hiện có liên quan đến sự trao đổi axit amin tại codon 87 và / hoặc 91 trong gen gyrA [124-127]. Không có tác dụng hiệp đồng nào đối với sự kháng levofloxacin được tìm thấy ở các chủng H. pylori mang các đột biến bổ sung ở gyrB. Kháng rifampicin đã được báo cáo là có liên quan đến sự trao đổi axit amin trong vùng xác định tính kháng rifampicin của gen rpoB [125]. Ngược lại, dự đoán về khả năng kháng metronidazole dựa trên thông tin kiểu gen vẫn còn nhiều thách thức đối với H. pylori. Hầu hết các chủng H. pylori kháng metronidazole đã được chỉ ra là mang nhiều đột biến rdxA và frxA [124,125,127]; tuy nhiên, các chứng minh cáo [125]. Hơn nữa, đột biến dịch khung và kháng thuốc ở rdxA và frxA cũng đã được chứng minh ở các chủng H. pylori nhạy cảm với metronidazole [125]. Nói chung, điều này cho thấy rằng cần có nhiều nghiên cứu hơn để làm rõ mối liên quan giữa các đa hình được phát hiện trong rdxA, frxA, mdaB, omp11 và rpsU và các gen khác và tính kháng metronidazole kiểu hình. NGS cũng có thể được sử dụng để phát hiện các đột biến mới liên quan đến tính kháng metronidazole trong các gen như dapF, dppA, dppB, fdxA và fdxB [124,127].

Một lĩnh vực ứng dụng khác của công nghệ NGS là điều tra các đột biến liên quan đến việc kháng lại các tác nhân kháng sinh mới như rifamycins rifabutin và rifaximin, quinolon garenoxacin và sitafloxacin và chất kháng khuẩn nitrofuran furazolidone [128]. Phân tích trình tự rpoB của các chủng H. pylori kháng rifaximin cho thấy sự trao đổi axit amin ở I837, A2414, K2068, Q2079 trong rpoB, trong khi sự trao đổi axit amin ở N87 và D91 trong gyrA có liên quan đến sự đề kháng levofloxacin cao ở H. pylori. Không có chủng vi khuẩn H. pylori nào kháng garenoxacin hoặc sitafloxacin về mặt kiểu hình, cho thấy có rào cản di truyền cao hơn đối với sự phát triển đề kháng và cần có nhiều đột biến hoặc tác dụng hiệp đồng để suy ra khả năng kháng lại các kháng sinh này. NGS còn có thể được sử dụng để xác định các đột biến giả định trong các chủng H. pylori kháng về kiểu hình mà không có đột biến kháng thuốc đã biết [129,130]; và xác định các gen bơm dòng chảy có thể liên quan đến sự phát triển kháng thuốc ở H. pylori [131].

3.7. Kết luận và tiềm năng tương lai

Trong những năm qua, tình trạng kháng kháng sinh ở H. pylori đã liên tục gia tăng, cũng như ở Tây và Trung Âu, nơi mà tình trạng kháng kháng sinh vẫn được cho là ở mức thấp. Xu hướng đáng báo động này dẫn đến việc đặt ra câu hỏi về tính hữu dụng của chiến lược “xét nghiệm và điều trị” hiện đang được áp dụng và việc cân nhắc xác định tình trạng kháng kháng sinh của vi khuẩn H. pylori trước khi điều trị để đạt được hiệu quả tốt hơn. Khi xem xét chi phí hiện tại cho các phác đồ điều trị H. pylori (Bảng (Bảng 22 và Bảng3; 3; giá thuốc gần đúng từ Đức), tùy thuộc vào tỷ lệ kháng thuốc tại địa phương, việc xác định phân tử ban đầu về tính nhạy cảm với thuốc của H. pylori có thể hiệu quả về chi phí, đặc biệt, khi xem xét rằng chi phí cho các xét nghiệm PCR (<20 EUR) và WGS (<100 EUR) đã liên tục giảm trong những năm qua. Ngược lại, nội soi (100-250 EUR) và DST kiểu hình dựa trên nuôi cấy H. pylori (80 -100 EUR) vẫn còn đắt.

Tuy nhiên, để xác định kiểu hình kháng thuốc trước khi sử dụng kháng sinh, thông tin về kháng thuốc phải có sẵn nhanh chóng hơn, lý tưởng nhất là với các phương pháp không xâm lấn không cần nội soi. Các phương pháp chẩn đoán, chẳng hạn như xét nghiệm đầu dò dòng hoặc DST kiểu hình dựa trên nuôi cấy, cung cấp thông tin về kháng thuốc trong thời gian dài và yêu cầu sinh thiết dạ dày chỉ có thể lấy bằng nội soi xâm lấn. Ngược lại, các phương pháp chẩn đoán không xâm lấn hiện có chỉ có thể phát hiện các đột biến kháng thuốc trong gen 23S rRNA của H. pylori (ví dụ: PCR từ phân). Điều này có thể không đủ ở những vùng có tình trạng kháng metronidazole cao hoặc nếu các chế độ dựa trên levofloxacin hoặc rifampicin phải được điều trị cho bệnh nhân. Việc tìm kiếm tài liệu của chúng tôi đã mang lại những nghiên cứu tập trung vào dự đoán kiểu hình kháng thuốc dựa trên sự hiện diện của một số đột biến điểm nhất định trong bộ gen của H. pylori. Tuy nhiên, tất cả các nghiên cứu này đều sử dụng phân lập H. pylori nuôi cấy hoặc chiết xuất DNA từ mẫu sinh thiết dạ dày. Với nỗ lực giảm thời gian quay vòng và áp dụng quy trình chẩn đoán không yêu cầu nội soi, các nghiên cứu trong tương lai cần đặt mục tiêu phát hiện H. pylori và các đột biến kháng thuốc liên quan trực tiếp từ các bệnh phẩm lâm sàng (sinh thiết dạ dày hoặc phân) bằng cách sử dụng meta-genom và / hoặc giải trình tự meta-transcriptomic. Tìm kiếm tài liệu của chúng tôi đã cho ra đời các bài báo nghiên cứu chính đã áp dụng thành công WGS trực tiếp trên sinh thiết dạ dày để phát hiện H. pylori [116,132,144,145]. Một hạn chế lớn đối với tính hiệu quả về chi phí và tính khả thi của việc giải trình tự gen và kết quả lâm sàng luôn là lượng RNA hoặc DNA khá lớn cần thiết cho quá trình chuẩn bị tiếp theo và nền /số lượng DNA người cao đòi hỏi phải giải trình tự sâu. Đã có sự phát triển vượt bậc trong lĩnh vực này, và các giao thức thương mại được phát triển [146,147] và các giao thức thương mại [ví dụ: RiboZero (Illumina), RiboGold (Illumina), MIC-ROBExpress (Ambion, Invitrogen)] dần trở nên khả dụng cho sự cạn kiệt của DNA của con người hoặc làm giàu DNA của vi khuẩn trước khi thực hiện WGS, do đó làm tăng hiệu quả và hiệu quả chi phí của NGS do nền DNA của con người ít hơn trong các mẫu bệnh phẩm.

Tóm lại, công nghệ NGS đã mở ra con đường mới cho việc xác định đặc điểm của các cộng đồng vi sinh vật phức tạp, bao gồm cả những cộng đồng vi sinh vật có liên quan đến bệnh đường tiêu hóa liên quan đến nhiễm khuẩn H. pylori. Đặc biệt thú vị điều này hứa hẹn về các phương pháp tiếp cận không phụ thuộc vào việc nuôi cấy để phát hiện và đánh giá khả năng kháng kháng sinh của H. pylori. Trong phòng thí nghiệm chẩn đoán, NGS có thể cho phép thực hiện DST kiểu gen nhanh chóng và chính xác trước khi áp dụng liệu pháp kháng sinh để tiêu diệt vi khuẩn H.pylori. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6718044/

Bảng 1: Đối tượng cần kiểm tra, tóm tắt các khuyến nghị từ báo cáo đồng thuận Maastricht / Florence lần thứ năm [23]

Các khuyến nghị từ báo cáo đồng thuận Maastricht / Florence lần thứ năm
Rối loạn tiêu hóaTùy thuộc vào tỷ lệ lưu hành Helicobacter pylori trong khu vực, không áp dụng cho bệnh nhân có các triệu chứng báo động hoặc bệnh nhân lớn tuổi
Loét dạ dàyĐặc biệt ở người dùng aspirin và thuốc chống viêm không steroid có tiền sử loét dạ dày tá tràng
Viêm dạ dàyĐặc biệt là ở những người dùng thuốc ức chế bơm proton trong thời gian dài
Ung thư dạ dàyỞ những người có nguy cơ ung thư dạ dày cao hơn
MALTomaỞ những người bị MALToma giai đoạn đầu cục bộ
Thiếu máu do thiếu sắt, ban xuất huyết giảm tiểu cầu vô căn, thiếu vitamin B12 

 

Bảng 2: Phác đồ 3 thuốc tiêu chuẩn dựa trên thuốc larithromycin sử dụng metronidazole hoặc amoxicillin, và các chi phí liên quan

ThuốcLiều lượngGiá tiền (EUR) /1 liềuGiá tiền (EUR) cho 7 liềuGiá tiền (EUR) cho 14 liều
Phác đồ 3 thuốc tiêu chuẩn (với metronidazole)Clarithromycin500 mg (ngày 2 lần)1.115.430.8
Metronidazole500 mg (ngày 3 lần)0.613.126.2
Pantoprazole (Thuốc ức chế bơm proton)Liều tiêu chuẩn (ngày 2 lần)0.11.63.2
Tổng1.830.160.2
Phác đồ 3 thuốc tiêu chuẩn (với amoxicillin)Clarithromycin500 mg (ngày 2 lần)1.115.430.8
Amoxicillin1 g (ngày 2 lần)1.420.240.4
Pantoprazole (Thuốc ức chế bơm proton)Liều tiêu chuẩn (ngày 2 lần)0.11.63.2
Tổng2.637.274.4

Bảng 3: Liệu pháp diệt trừ Helicobacter pylori bằng kháng sinh thay thế sử dụng phác đồ 4 thuốc hoặc phác đồ dựa trên levofloxacin, và các chi phí liên quan

Phác đồThuốcLiều lượngGiá tiền (EUR) /1 liềuGiá tiền (EUR) cho 7 liềuGiá tiền (EUR) cho 14 liều
Phác đồ 4 thuốcTetracycline500 mg (ngày 4 lần)0.61216.8
Metronidazole500 mg (ngày 3 lần)0.618.626.2
Pantoprazole (Thuốc ức chế bơm proton)Liều tiêu chuẩn (ngày 2 lần)0.12.23
Bismuth SubsalicylateLiều tiêu chuẩn (ngày 3 lần)0.31014
Tổng1.642.860
Phác đồ dựa trên levofloxacinLevofloxacin500 mg (ngày 1 lần)2.72738
Amoxicillin1 g (ngày 2 lần)1.428.840.4
Pantoprazole (Thuốc ức chế bơm proton)Liều tiêu chuẩn (ngày 2 lần)0.12.23.1
Tổng4.25881.5
Phác đồ điều trị đồng thờiClarithromycin500 mg (ngày 2 lần)1.12230.8
Amoxicillin1 g (gày 2 lần)1.428.840.4
Metronidazole500 mg (ngày 3 lần)0.62.23
Pantoprazole (Thuốc ức chế bơm proton)Liều tiêu chuẩn (ngày 2 lần)0.118.626.04
Tổng3.272100

Bảng 4: Việc tìm kiếm PubMed, MEDLINE và EMBASE thông qua cụm từ “Helicobacter pylori VÀ transcriptome HOẶC transcriptomic” đã cho ra 12 nghiên cứu ban đầu

Nghiên cứuPhát hiện chínhPhương phápGiải trình tự genTham chiếu
1Mục tiêuNuôi cấy H. pylori 26695 phát triển trong môi trường lỏng đến pha logSự cạn kiệt RNA ribosome (RiboZero, Epicenter, Illumina)Estibariz và cộng sự [107]
Đặc điểm của MTase JHP1050 ở H. pylori
Phát hiện chính
Giải trình tự RNA trên nền tảng Illumina HiSeq (Illumina, Hoa Kỳ; 1 × 50 bp)
Phát hiện thấy MTase JHP1050, chất methyl hóa các trình tự GCGC được bảo tồn cao trong tất cả các chủng H.pylori được phân tích, với mức độ nhận dạng trình tự nucleotide> 87%. Việc thiếu metyl hóa m5C có ảnh hưởng đáng kể đến sự phát triển của H. pylori, dẫn đến giảm đáng kể khả năng hấp thụ DNA và làm giảm khả năng bảo vệ của vi khuẩn chống lại sự dư thừa đồng
2Mục tiêuNuôi cấy H. pylori 26695 phát triển trong môi trường lỏng đến pha log sớmGiải trình tự RNA trên nền tảng HTSeq v0.6.1 [148]Han và cộng sự [114]
Phân tích tác động của bitmut lên một loạt các đường nội bào ở H.pylori
Phát hiện chính
Bismuth ảnh hưởng đến nhiều con đường trao đổi chất và ngăn chặn sản xuất năng lượng ở H. pylori thông qua việc phá vỡ quá trình chuyển hóa carbon trung tâm của vi khuẩn. Bismuth ban đầu làm xáo trộn chu trình axit xitric và sau đó là hoạt động của men urease, tiếp theo là gây ra stress oxy hóa và ức chế sản xuất năng lượng, và trong khi đó, gây ra sự điều hòa rộng rãi trong cơ thể chuyển hóa của H.pylori
3Mục tiêuH. pylori được nuôi cấy trên môi trường thạch đặc không chọn lọcSự cạn kiệt RNA ribosome (RiboZero, Epicenter, Illumina) Giải trình tự RNA trên nền tảng Illumina NextSeq (Illumina)Hathroubi và cộng sự [106]
Transcriptomic analysis to assess the process of biofilm formation in H. pylori
Phát hiện chính
Các tế bào màng sinh học của H. pylori hiển thị một cấu hình phiên mã riêng biệt. Sự trao đổi chất thấp hơn và phản ứng với căng thẳng, có thể liên quan đến môi trường vi sinh được tạo ra trong màng sinh học của H. pylori, có thể là những yếu tố quyết định khả năng chịu kháng sinh và liên quan đến sự tồn tại và sống sót của H. pylori. Tuy nhiên, không có gen cụ thể nào được điều chỉnh lên hoặc xuống đặc trưng cho sự hình thành màng sinh học, điều này cho thấy rằng không có bộ gen cụ thể nào được biểu hiện trên màng sinh học. Tuy nhiên, các gen mã hóa các sợi hình sao đã được điều chỉnh trong các tế bào màng sinh học và tạo thành một phần không thể thiếu của ma trận màng sinh học
4Mục tiêuChủng H. pylori 7.13 được phát triển trong môi trường lỏng đến giữa pha hàm mũ (OD là 0,5)Sự cạn kiệt RNA ribosome (RiboZero, Epicenter, Illumina)Loh và cộng sự [111]
Phân tích phiên mã biểu hiện gen H. pylori trong điều kiện muối cao
Phát hiện chính
Đã quan sát thấy sự biểu hiện khác biệt của nhiều gen mã hóa protein màng ngoài, bao gồm chất kết dính (SabA, HopA và HopQ) và protein liên quan đến quá trình thu nhận sắt (FecA2 và FecA3). Mức phiên mã của sabA, hopA và hopQ được tăng lên, trong khi mức độ phiên mã của fecA2 và fecA3 đã giảm trong điều kiện có nhiều muối. Các chức năng liên quan đến các gen điều hòa lên và xuống bao gồm chuyển hóa axeton, tồn tại axit, tổng hợp trùng roi và vận chuyển sắt
Giải trình tự RNA trên nền tảng Illumina HiSeq 3000 (Illumina; 2 × 75 bp)
5Mục tiêuChủng H. pylori G27 phát triển trong môi trường lỏng, tiếp theo là thích nghi với độ pH (3,0, 4,5, 6,0, 7,4, 8,0)Sự cạn kiệt RNA ribosome (RiboZero, Epicenter, Illumina)Marcus và cộng sự [112]
Phân tích phiên mã biểu hiện gen H. pylori trong các điều kiện pH khác nhau
Phát hiện chínhGiải trình tự RNA trên nền tảng Illumina HiSeq 2500 (Illumina; 1 × 50 bp)
Khoảng 250 gen đã được tạo ra và một số lượng gen bằng nhau đã bị kìm hãm ở pH axit. Các gen mã hóa cho các protein chống oxy hóa, các protein cấu trúc hình sao, hệ thống tiết loại IV (T4SS) / Đảo gây bệnh cag, FoF1-ATPase và các protein liên quan đến sự thích nghi với axit được biểu hiện cao ở pH axit
6Mục tiêuCác chủng H. pylori khác nhau phát triển trong môi trường lỏng đến giữa pha hàm mũ (OF = 0,7) có / không xử lý sốc nhiệtSự cạn kiệt RNA ribosome (RiboZero, Epicenter, Illumina)Pepe và cộng sự[113]
Đặc điểm của các vị trí liên kết protein ức chế sốc nhiệt (HspR) ở H.pylori
Phát hiện chínhGiải trình tự RNA trên nền tảng Illumina GAIIX (Illumina; 1 × 85 bp)
HspR tham gia vào việc điều chỉnh các chức năng tế bào quan trọng khác nhau thông qua một số vị trí liên kết gen hạn chế. Có sự bảo tồn trình tự cao trong mô típ HAIR (lặp lại ngược liên quan đến HspR của Streptomyces spp.) Giữa các chủng H.pylori. Sự đột biến hướng vào vị trí đã chứng minh rằng mô típ HAIR là cơ bản để liên kết HspR và các yếu tố quyết định nucleotide bổ sung bên cạnh mô típ HAIR là cần thiết để liên kết hoàn toàn HspR với trình tự điều hành của nó kéo dài hơn 70 bp DNA
7Mục tiêuCác mẫu sinh thiết dạ dày từ bệnh nhân nhiễm H. pylori và các thay đổi mô tiền ác tínhSự cạn kiệt RNA ribosome (RiboZero, Epicenter, Illumina)Thorelll và cộng sự[116]
Phân tích thành phần của cộng đồng vi sinh vật hoạt động phiên mã và biểu hiện gen H.pylori trong mẫu sinh thiết dạ dày của bệnh nhân nhiễm H. pylori và các thay đổi mô tiền ác tính
Giải trình tự RNA trên nền tảng Illumina HiScanSQ (Illumina; 2 × 100 bp)
Phát hiện chính
Mặc dù nhiễm H. pylori không làm thay đổi sự đa dạng của vi khuẩn, nhưng sự phong phú của H. pylori có tương quan thuận với sự hiện diện của Campylobacter, Deinococcus và Sulfurospirillum. Định lượng biểu hiện gen H. pylori cho thấy sự biểu hiện cao của các gen liên quan đến điều hòa pH và vận chuyển niken
8Mục tiêuCác chủng H. pylori phát triển trong môi trường lỏng và được xử lý với nồng độ niken cao (500 μM Ni2 +)Sự cạn kiệt RNA ribosome (RiboZero, Epicenter, Illumina)Vannini và cộng sự[115]
Đặc điểm của bộ điều chỉnh phiên mã phụ thuộc Niken (NikR) ở H. pylori
Phát hiện chínhGiải trình tự RNA trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 1 × 76 bp)
NikR không chỉ điều chỉnh các chất vận chuyển ion kim loại mà còn cả các yếu tố độc lực, các RNA không mã hóa, cũng như các hệ thống kháng độc tố để phản ứng với kích thích niken
9Mục tiêuCác chủng H. pylori phát triển đến giai đoạn tăng trưởng giữa theo cấp số nhân (OF = 0,7)Giải trình tự RNA trên nền tảng Illumina HiSeq 2000 (Illumina; 1 × 97 bp)Bischler và cộng sự[108]
Đặc điểm của Nudix hydrolase ở H. pylori
Phát hiện chính
H. pylori mã hóa hai protein giống với enzym Nudix. Một trong số chúng, HpRppH, là một RNA pyro-phosphohydrolase kích hoạt sự phân hủy RNA ở H. pylori, trong khi HP0507, thiếu hoạt động như vậy. Phân tích phiên mã cho thấy ít nhất 63 mục tiêu HpRppH tiềm năng ở H. pylori
10Mục tiêuCác chủng H. pylori phát triển trong môi trường lỏng đến giữa pha theo hàm mũ (OD là 0,5)Sự cạn kiệt RNA ribosome bằng cách tiếp cận lai ghép bắt giữ sửa đổi rRNA từ bộ MICROBExpress (Ambion, Invitrogen, Life Technologies)Redko và cộng sự[110]
Đặc điểm của exo- và endoribonuclease RNase J ở H. pylori và các mục tiêu giả định của nó
Phát hiện chính
Sự suy giảm mạnh mẽ của RNase J dẫn đến sự gia tăng đáng kể mức độ ổn định của các không phải rRNA. mRNAs và RNAs antisense để mở khung đọc. Ngược lại, các RNA không mã hóa được biểu hiện trong các vùng giữa gen ít bị ảnh hưởng bởi sự suy giảm RNase J. Điều này cho thấy RNase J là một RNase chính liên quan đến quá trình thoái hóa hầu hết các RNA tế bào ở H.pylori
Giải trình tự RNA trên nền tảng Illumina HiSeq 2000 (Illumina; 1 × 50 bp)
11Mục tiêu 

Phân tích các vị trí DNA bị metyl hóa trong toàn bộ hệ gen của H. pylori cho một số chủng H. pylori có liên quan chặt chẽ

Các chủng H. pylori (HPYF1 và HPYF2) phát triển đến giai đoạn giữa hàm mũ (OD là 0,4)Giải trình tự RNA trên nền tảng Illumina HiSeq 2000 (Illumina)Futura và cộng sự[149]
Phát hiện chính
Nhìn chung, methylome rất khác nhau giữa các chủng H. pylori có liên quan chặt chẽ. Các mô típ trình tự DNA cho quá trình metyl hóa có thể được chỉ định cho một nhóm tương đồng cụ thể của các vùng nhận dạng đích trong các gen xác định tính đặc hiệu cho Loại I và các hệ thống sửa đổi giới hạn khác. Loại bỏ một trong các gen đặc hiệu loại I dẫn đến thay đổi bản sao
12Mục tiêuH. pylori được nuôi cấy trên môi trường thạch đặc không chọn lọcTổng số RNA được tiêu hóa bằng DNase ISharma và cộng sự[150]
Đặc điểm của bộ phiên mã của H. pylori và xây dựng bản đồ toàn bộ bộ gen về các vị trí bắt đầu phiên mã của H.pylori và các operon
Giải trình tự RNA được thực hiện trên nền tảng Roche 454 FLX (Roche, Basel, Thụy Sĩ) và trên nền tảng Genome Analyzer II (Illumina; 1 × 76 bp)
Phát hiện chính
Việc phát hiện ra hàng trăm vị trí bắt đầu phiên mã trong các operon và đối diện với các gen được chú thích, cho thấy rằng sự phức tạp của biểu hiện gen từ bộ gen nhỏ của H. pylori được tăng lên khi tách các polycistron và bằng cách phiên mã antisense trên toàn bộ gen. Một số lượng bất ngờ khoảng 60 RNA nhỏ bao gồm bản sao phân chia epsilon của RNA 6S điều hòa và các sản phẩm RNA liên kết, và các chất điều hòa tiềm năng của RNA thông tin đích được mã hóa cis và trans đã được phát hiện.

 

Bảng 5: Tìm kiếm PubMed, MEDLINE và EMBASE thông qua cụm từ “Helicobacter pylori VÀ giải trình tự thế hệ tiếp theo” đã mang lại 19 nghiên cứu ban đầu

Nghiên cứuPhát hiện chínhPhương phápGiải trình tự genTham chiếu
1Mục tiêuTách chiết DNA từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự rRNA 16S được nhắm mục tiêu trên Ion S5XLplatform (Thermo Fisher Scientific, Hoa Kỳ)Han và cộng sự[117]
Đánh giá mối tương quan giữa thành phần cộng đồng vi sinh vật đường ruột và mức độ thâm nhiễm tế bào viêm, phát hiện nội soi và chỉ số mức độ nghiêm trọng của triệu chứng rối loạn tiêu hóa (PAGI-SYM)
Phát hiện chính
Viêm dạ dày mô học và nội soi có liên quan đến sự phong phú của H. pylori và vi khuẩn commen trong dạ dày. Sự phong phú của Variovorax paradoxus và Porphyromonas gingivalis có tương quan với viêm dạ dày mô học, nhưng không phải với nội soi hoặc viêm dạ dày có triệu chứng. Tổng điểm PAGI-SYM cho thấy mối tương quan mạnh mẽ hơn với hệ vi sinh vật tá tràng (Prevotella nanceiensis và Alloprevotella rava) so với hệ vi sinh vật trong dạ dày (H.pylori, Neisseria elongate và Corynebacterium segmentosum)
2Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina, Hoa Kỳ)Miftahussurur và cộng sự[128]
Đề kháng với metronidazole rifaximin, rifabutin, furazolidone, garenoxacin và sitafloxacin đã được khảo sát ở các chủng H.pylori Indonesia
Phát hiện chính
Các liệu pháp điều trị dựa trên Furazolidone-, rifabutin- và sitafloxacin có thể được coi là các phác đồ thay thế để diệt trừ vi khuẩn H.pylori kháng metronidazole và clarithromycin ở bệnh nhân Indonesia. Hơn nữa, sitafloxacin chứ không phải garenoxacin nên được xem xét để diệt trừ các chủng H.pylori kháng levofloxacin
3Mục tiêuTách chiết DNA từ các khối mô FFPE dạ dàyGiải trình tự nhắm mục tiêu rRNA 16S trên nền tảng Ion Torrent (Thermo Fischer)Nezami và cộng sự[132]
Phát hiện các đột biến H. pylori được biết là gây ra sự đề kháng với clarithromycin, levofloxacin và tetracycline trực tiếp từ mẫu sinh thiết dạ dày cố định formalin nhúng parafin (FFPE) bằng cách sử dụng giải trình tự thế hệ tiếp theo
Phát hiện chính
Sự thất bại của liệu pháp tương quan với số lượng gen đột biến: không thất bại trong trường hợp không có đột biến (0/15), thất bại 19% (5/27) trong trường hợp có một đột biến gen và 69% (11/16) thất bại trong trường hợp có nhiều hơn một gen bị đột biến. Đột biến rRNA 23S phổ biến (A2146G hoặc A241G) hiện diện trong 88% (14/16) trường hợp thất bại, trái ngược với chỉ 10% (4/42) trường hợp bị loại trừ (P <0,001). NGS có thể được sử dụng trên các bệnh phẩm lâm sàng được thu thập trong quá trình kiểm tra tiêu chuẩn chăm sóc để phát hiện các đột biến có liên quan đến tăng nguy cơ thất bại điều trị
4Mục tiêuTách chiết DNA từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự nhắm mục tiêu rRNA 16S trên nền tảng Illumina HiSeq 2500 (Illumina; 2 × 250 bp)Yu và cộng sự[118]
Đánh giá những thay đổi trong thành phần cộng đồng vi khuẩn thực quản ở bệnh nhân Trung Quốc bị viêm thực quản trào ngược và những người tình nguyện khỏe mạnh bằng cách sử dụng phương pháp giải trình tự DNA thông lượng cao bằng máy đo
Phát hiện chính
Những thay đổi vừa phải trong thành phần cộng đồng vi sinh vật được tìm thấy ở những bệnh nhân bị trào ngược thực quản và so với những người tình nguyện khỏe mạnh. Ở cấp độ phylum, chỉ có Bacteroidetes khác nhau giữa các nhóm, ít phổ biến hơn trong nhóm viêm thực quản trào ngược. Số lượng tổng thể và sự đa dạng của các loài có xu hướng thấp hơn ở bệnh nhân viêm thực quản trào ngược, nhưng không có sự khác biệt đáng kể giữa các nhóm. Ba chi Prevotella, Helicobacter và Moraxella rõ ràng đã cạn kiệt ở bệnh nhân viêm thực quản trào ngược
5Mục tiêuTách chiết DNA từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự nhắm mục tiêu rRNA 16S trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Zhao và cộng sự[119]
Đặc điểm của những thay đổi do H. pylori gây ra trong hệ vi sinh vật phủ dạ dày và lưỡi và đánh giá các tác động tiềm tàng đối với sức khỏe con người ở bệnh nhân viêm dạ dày mãn tính
Phát hiện chính
Những thay đổi đáng kể của hệ vi sinh vật trong dạ dày đã được tìm thấy trong các mẫu dương tính với H. pylori (cagA dương tính), biểu hiện bằng sự giảm đa dạng vi khuẩn, giảm lượng Roseburia và tăng lượng Helicobacter và Haemophilus. Ở cấp độ cộng đồng, các chức năng liên quan đến sự hình thành màng sinh học, hàm lượng phần tử di động và hệ vi sinh vật kỵ khí đã giảm đáng kể trong cộng đồng vi sinh vật ở các đối tượng dương tính với H.pylori. Sự hiện diện của CagA có liên quan đến việc tăng tỷ lệ vi khuẩn Gram âm trong dạ dày, do đó góp phần điều hòa sinh tổng hợp lipopolysaccharide
6Mục tiêuTách chiết DNA từ các mẫu sinh thiết dạ dày hoặc các mẫu phẫu thuật niêm mạc dạ dày không ung thư liền kề với khối uGiải trình tự nhắm mục tiêu rRNA 16S trên nền tảng Ion PGM Torrent (Thermo Fischer Scientific)Ferreira và cộng sự[138]
Đặc điểm của cộng đồng vi sinh vật ở bệnh nhân bị viêm dạ dày và ung thư dạ dày
Phát hiện chính
Hệ vi sinh vật ung thư biểu mô dạ dày được đặc trưng bởi sự giảm đa dạng vi sinh vật, giảm sự phong phú của H. pylori và sự phong phú của các chi vi khuẩn khác, hầu hết được đại diện bởi các kết hợp ruột. Sự kết hợp của các đơn vị phân loại này thành một chỉ số rối loạn vi sinh vật cho thấy rằng rối loạn sinh học có thể được sử dụng để phân biệt giữa viêm dạ dày và ung thư biểu mô dạ dày. Phân tích các đặc điểm chức năng của hệ vi sinh vật tương thích với sự hiện diện của cộng đồng vi sinh vật nitro hóa trong ung thư biểu mô
7Mục tiêuTách chiết DNA từ các mẫu phânTrình tự nhắm mục tiêu rRNA 16S trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Gotoda và cộng sự[142]
Đánh giá những thay đổi trong hệ vi sinh vật đường ruột sau khi điều trị tiệt trừ H.pylori ở thanh thiếu niên
Phát hiện chính
Sự đa dạng alpha cho thấy rằng cả sự phong phú và đồng đều của các loài đều được phục hồi về mức trước khi điều trị ở mức 2 tháng sau khi điều trị tiệt trừ H. pylori. Mặc dù liệu pháp diệt trừ H. pylori gây ra chứng loạn khuẩn trong thời gian ngắn, nhưng sự đa dạng của vi sinh vật đã được phục hồi ở những thanh thiếu niên khỏe mạnh
8Mục tiêuTách chiết DNA từ các mẫu phânTrình tự nhắm mục tiêu rRNA 16S trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 300bp)Iino và cộng sự[120]
Đánh giá mối liên quan giữa nhiễm H. pylori và sự phong phú của các loài Lactobacillus trong cộng đồng vi sinh vật đường ruột ở bệnh nhân Nhật Bản
Phát hiện chính
Sự phong phú tương đối của Lactobacillus ở đối tượng nhiễm H. pylori bị viêm dạ dày teo nặng cao hơn so với bệnh nhân bị viêm dạ dày teo nhẹ và không bị viêm dạ dày teo (P <0,001) và đối tượng không bị nhiễm (P <0,001). Tỷ lệ Lactobacillus salivarius cao ở những đối tượng bị nhiễm H.pylori trong khi tỷ lệ của Lactobacillus acidophilus cao ở những đối tượng không bị nhiễm.
9Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Aftab và cộng sự[103]
Xác định trình tự của các gen độc lực (cagA và vacA) và bảy gen quản lý bằng cách giải trình tự thế hệ tiếp theo
Phát hiện chính
Tất cả các chủng H. pylori đều được coi là kiểu phương Tây, và 73,2% trong số đó mang cagA. Bệnh nhân bị nhiễm các chủng cagA dương tính có điểm mô học nghiêm trọng hơn so với bệnh nhân nhiễm các chủng cagA âm tính. Do đó, tỷ lệ mắc ung thư dạ dày thấp ở Bangladesh có thể là do tỷ lệ cao của các kiểu gen H.pylori ít độc lực hơn
10Mục tiêuTách chiết DNA từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự nhắm mục tiêu rRNA 16S trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 1 × 500 bp)Klymiuk và cộng sự[139]
Đánh giá hệ vi sinh vật trong tổng số 30 mẫu sinh thiết dạ dày đồng nhất và đông lạnh từ tám vị trí địa lý.
Phát hiện chính
Nhiễm H. pylori trong môi trường sống trong dạ dày chiếm ưu thế trong hệ vi sinh vật dạ dày ở hầu hết bệnh nhân và có liên quan đến sự giảm đáng kể đa dạng alpha của vi sinh vật. Hơn nữa, một số chi vi khuẩn như Actinomyces, Granulicatella, Veillonella, Fusobacterium, Neisseria, Helicobacter, Streptococcus và Prevotella có liên quan đến sự hiện diện của H. pylori
11Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Miftahussurur và cộng sự[124]
Đặc điểm của kháng levofloxacin, metronidazole, clarithromycin, amoxicillin và tetracycline ở H. pylori được phân lập từ 158 bệnh nhân khó tiêu ở Santo Domingo
Phát hiện chính
Kháng clarithromycin và amoxicillin thấp (3,1% và 1,6%), và không thấy kháng tetracycline. Ngược lại, kháng metronidazole và levofloxacin cao (82,8% và 35,9%). Hầu hết các chủng H.pylori kháng levofloxacin có sự thay thế axit amin ở codon 87 hoặc 91 trong gen gyrA. Nhiều đột biến rdxA và frxA khác nhau ở các chủng H. pylori kháng metronidazole được tìm thấy mà không có tác dụng hiệp đồng. Các đột biến mới ở dppA, dppB, fdxA và fdxB, bất kể đột biến rdxA và frxA có liên quan đến các mức độ kháng metronidazole khác nhau ở H. pylori
12Mục tiêuTách chiết DNA từ các mẫu phânTrình tự nhắm mục tiêu rRNA 16S trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 300 bp)Yanagi và cộng sự[121]
Đánh giá ảnh hưởng của thuốc kháng sinh đối với cả hai, thành phần cộng đồng vi sinh vật đường ruột và mức ghrelin trong huyết tương ở bệnh nhân nhiễm H. pylori, những người đã trải qua liệu pháp tiệt trừ (amoxicillin, clarithromycin và thuốc ức chế bơm proton)
Phát hiện chính
Tỷ lệ Bacteroidetes: Firmicutes (B: F) tăng đáng kể sau 3 tháng so với trước khi điều trị kháng sinh (P <0,01). Đã quan sát thấy sự giảm đáng kể nồng độ ghrelin hoạt động (P <0,01) trong huyết tương trước và 3 tháng sau khi điều trị bằng kháng sinh
13Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina HiSeq 2000 và MiSeq (Illumina; 2 × 150 bp và 2 × 300 bp)Hashinaga và cộng sự[100]
So sánh trình tự cagA và vacA của các chủng H. pylori được phân lập từ bệnh nhân ung thư dạ dày và ung thư hạch MALT ở Nhật Bản
Phát hiện chính
Việc xác định kiểu gen thông thường của cagA và vacA cho thấy không có sự khác biệt đáng kể giữa bệnh nhân ung thư dạ dày và ung thư hạch MALT. Khi so sánh trình tự protein đầy đủ của CagA và VacA, 4 locus mới được tìm thấy trên CagA và 3 locus được phát hiện trên VacA. Sự khác biệt đáng kể được quan sát thấy tại một vị trí CagA giữa các chủng H. pylori viêm dạ dày và ung thư hạch MALT, và tại một vị trí VacA giữa các chủng H. pylori viêm dạ dày và ung thư dạ dày.
14Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Miftahussurur và cộng sự[126]
Đặc điểm của kháng levofloxacin, metronidazole, clarithromycin, amoxicillin và tetracycline ở các chủng H. pylori từ Indonesia
Phát hiện chính
Kháng clarithromycin, amoxicillin và tetracycline thấp (9,1%, 5,2% và 2,6%). Ngược lại, tỷ lệ đề kháng cao với metronidazole (46,7%) và levofloxacin (31,2%). Các chủng H. pylori kháng metronidazole cho thấy sự thay thế axit amin rdxA khác nhau, và đột biến 23S rRNA A2147G xảy ra ở H. pylori kháng clarithromycin. Tuy nhiên, một chủng H. pylori kháng clarithromycin có một đột biến mới ở rpl22 mà không có đột biến A2147G. Trao đổi axit amin ở N87 và / hoặc D91 của gyrA có liên quan đến kháng levofloxacin
15Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Miftahussurur và cộng sự[127]
Đặc điểm của các chủng H. pylori được phân lập từ 146 bệnh nhân ở Kathmandu, Nepal
Phát hiện chính
H. pylori không đề kháng với amoxicillin và tetracycline. Ngược lại, kháng metronidazole rất cao (88,1%), trong khi kháng clarithromycin rất cao (21,4%). Hầu hết các chủng H.pylori kháng metronidazole đều có đột biến rdxA và frxA đa dạng. Các đột biến mới ở dppA (A212, Q382 và I485) và dapF (L145, T168, E117, V121, R221) ngoài các đột biến sai lệch trong rdxA đã được tìm thấy ở các chủng H. pylori kháng metronidazole. Trao đổi axit amin ở N87 và / hoặc D91 trong gyrA chủ yếu được tìm thấy ở các chủng H.pylori kháng levofloxacin
16Mục tiêuA metronidazole-resistant strain was cultured from the metronidazole-susceptible H.pylori reference strain 26695 by exposure to low concentrations of metronidazoleTrình tự trên nền tảng Illumina HiSeq 2000 (Illumina; 2 × 90 bp)Binh và cộng sự[129]
Đặc điểm của chủng vi khuẩn H. pylori kháng metronidazole 26695 để làm sáng tỏ cơ sở phân tử của kháng metronidazole và các gen liên quan trong H.pylori
Phát hiện chính
Các trình tự đột biến trong rdxA đã được biến nạp thành công thành dòng tham chiếu H. pylori 26695, và các thể biến nạp cho thấy khả năng kháng metronidazole. Các chủng H. pylori được biến nạp có chứa một đột biến đơn lẻ trong rdxA cho thấy MIC thấp (16 mg / L), trong khi những chủng chứa đột biến ở cả rdxA và frxA cho thấy MIC cao hơn (48 mg / L). Hơn nữa, đột biến trong rpsU có thể đóng một vai trò trong việc đề kháng metronidazole
17Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina (Illumina)Furuta và cộng sự[104]
Các chủng H. pylori được phân lập từ các thành viên của năm họ để điều tra sự tiến hóa vi mô và sự thích nghi của bộ gen H. pylori bằng cách sử dụng giải trình tự thế hệ tiếp theo và đánh trình tự đa locus
Phát hiện chính
Việc phát hiện các thay thế nucleotide cho thấy các con đường lây truyền có khả năng liên quan đến trẻ em. Các đột biến không ẩn danh được tìm thấy trong các gen liên quan đến độc lực (cag, vacA, hcpDX, tnfα, ggt, htrA và gen collagenase), gen protein màng ngoài (OMP) và các gen protein liên quan đến bề mặt tế bào khác, gen truyền tín hiệu và biến đổi giới hạn gen
18Mục tiêuChủng H. pylori UM032 được nuôi cấy trên môi trường thạch không chọn lọcGiải trình tự trên một công cụ RS (Pacific Biosciences, Hoa Kỳ; mang lại> 300 × độ bao phủ bộ gen trung bình) và trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 300 bp)Lee và cộng sự[109]
Làm sáng tỏ ý nghĩa sinh học của hệ thống hạn chế-sửa đổi (R-M) trong sinh lý và bệnh sinh của H. pylori
Phát hiện chính
Strain UM032 chứa một số lượng tương đối lớn các hệ thống R-M, bao gồm một số hoạt động MTase với các đặc tính mới. Cụ thể, 17 mô-típ trình tự metyl hóa tương ứng với 1 hệ thống R-M Loại I và 16 Loại II đã được tìm thấy
19Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina HiSeq 2000 (Illumina; 2 × 90bp)Miftahussurur và cộng sự[122]
Đánh giá tỷ lệ nhiễm H. pylori và đánh giá các mô hình di cư của con người ở các vùng xa xôi của Bắc Sulawesi bằng cách sử dụng giải trình tự thế hệ tiếp theo và đánh trình tự đa vị trí
Phát hiện chính
Tỷ lệ nhiễm H. pylori thấp (14,3% ở người lớn và 3,8% ở trẻ em). Một dòng H. pylori mang kiểu Đông Á cagA (kiểu ABD), vacA s1c-m1b, iceA1, jhp0562-positive / β- (1,3), oipA “status-on”. Các phân tích phát sinh loài cho thấy chủng này thuộc loại hspMaori, một loại chủ yếu được quan sát thấy ở các bộ lạc bản địa Đài Loan và Maori

Bảng 6: Tìm kiếm PubMed, MEDLINE và EMBASE thông qua cụm từ “Helicobacter pylori VÀ giải trình tự toàn bộ bộ gen” đã thu được 15 nghiên cứu ban đầu

Nghiên cứuPhát hiện chínhMethodGiải trình tự genTham chiếu
1Mục tiêuTách chiết DNA từ các mẫu sinh thiếtTrình tự trên nền tảng Illumina HiSeq 2500 (Illumina, Hoa Kỳ; 2 × 50 bp)Ailloud và cộng sự[123]
Điều tra sự tiến hóa của H. pylori trong quá trình lây nhiễm và động thái quần thể bên trong môi trường dạ dày
Phát hiện chính
Phân tích phát sinh loài được gợi ý về sự tiến hóa theo vị trí cụ thể và sự di cư của vi khuẩn giữa các vùng dạ dày. Sự di cư giữa thể vàng và mô đệm diễn ra thường xuyên hơn đáng kể so với kiến trống, cho thấy rằng sự khác biệt sinh lý giữa niêm mạc antral và oxyntic góp phần vào sự phân vùng không gian của quần thể H. pylori. Mối liên hệ giữa đa hình gen H. pylori và các hốc dạ dày cho thấy rằng các chức năng điều hòa hóa học, chức năng điều hòa và các protein màng ngoài góp phần vào sự thích nghi cụ thể đối với niêm mạc antral và oxyntic
2Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 150 bp)Lauener và cộng sự[125]
Các đa hình nucleotide đơn (SNP) đã được phát hiện ở các phân lập H. pylori bằng cách giải trình tự toàn bộ bộ gen và mối tương quan của chúng với sự đề kháng kiểu hình đối với clarithromycin, metronidazole, tetracycline, levofloxacin và rifampicin đã được đánh giá
Phát hiện chính
Nhìn chung, có sự tương đồng cao> 99% giữa các kết quả xét nghiệm tính nhạy cảm với thuốc kiểu hình đối với clarithromycin, levofloxacin, rifampicin và SNPs được xác định trong các gen 23S rRNA, gyrA và rpoB. Tuy nhiên, không thể suy ra kiểu hình kháng metronidazole dựa trên sự xuất hiện của các SNP riêng biệt trong rdxA và / hoặc frxA
3Mục tiêuCác chủng H. pylori được nuôi cấy trên môi trường thạch không chọn lọc đặcTrình tự trên nền tảng Illumina HiSeq (Illumina; 2 × 150 bp)Chen và cộng sự[133]
Đặc điểm của đa hình ở các chủng H. pylori kháng và nhạy cảm với Clarithromycin bằng cách sử dụng giải trình tự toàn bộ bộ gen
Phát hiện chính
Không có đột biến nào được biết là có liên quan đến kháng clarithromycin, ngoại trừ đột biến T2182C gây tranh cãi, được phát hiện. Các biến thể đơn nucleotide (SNV) trong các gen vận chuyển dòng chảy đa lượng và HP0605 khác nhau có ý nghĩa giữa các chủng H. pylori kháng clarithromycin và các chủng H. pylori nhạy cảm. Không tìm thấy sự khác biệt đáng kể về SNV của các protein màng thuộc họ RND hoặc họ MFS (HP1181)
4Mục tiêuCác chủng H. pylori được phân lập từ những bệnh nhân bị đau bụng, viêm dạ dày, loét dạ dày hoặc tá tràngTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Quintana-Hayashi và cộng sự[151]
Đặc điểm của khả năng liên kết, phương thức bám dính và sự phát triển của các chủng H. pylori được phân lập từ bệnh nhi bị đau bụng, viêm dạ dày, loét dạ dày hoặc tá tràng
Phát hiện chính
Tăng khả năng bám dính của các chủng H. pylori ở trẻ em (PUD) đối với niêm mạc dạ dày so với các chủng khó tiêu không loét (NUD) cả ở pH trung tính và axit, bất kể niêm mạc có dương tính với Lewis b (Leb) hay không, Sialyl-Lewis × (SLex) hoặc LacdiNAc. Ngoài các chủng babA dương tính phổ biến hơn trong số các chủng liên quan đến PUD, các chủng vi khuẩn H. pylori babA dương tính liên kết với niêm mạc dạ dày nhiều hơn các chủng NUD babA dương tính ở pH axit. Liên kết với Leb cao hơn ở các chủng H. pylori có PUD dương tính với babA so với các chủng NUD ở pH trung tính, nhưng không có tính axit. Các đột biến loại bỏ babA có nguồn gốc từ PUD đã giảm độc lực liên kết với mucins và Leb ở pH axit và trung tính, và với SLex và DNA ở pH axit
5Mục tiêuH. pylori chủng B128 được phân lập từ sinh thiết dạ dày của một bệnh nhân bị loét dạ dày được thử nghiệm với nồng độ muối thấp / caoTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Noto và cộng sự[99]
H. pylori liên tục được nuôi cấy trong ống nghiệm trong điều kiện ít sắt hoặc muối cao để đặc trưng cho sự biến đổi di truyền của lông. Hơn nữa, sự biến đổi trình tự lông đã được đánh giá trong 339 chủng H. pylori lâm sàng
Phát hiện chính
Tiếp xúc với lượng sắt thấp hoặc muối cao được chọn lọc để tạo ra đa hình nucleotide đơn cụ thể trong gen lông thú (FurR88H) ở H. pylori. Trong số các chủng phân lập được kiểm tra, 17% chủng H. pylori được phân lập từ bệnh nhân có tổn thương tiền ác tính chứa biến thể FurR88H, so với chỉ 6% chủng H. pylori từ bệnh nhân bị viêm dạ dày không teo. Những kết quả này chỉ ra rằng sự biến đổi di truyền cụ thể phát sinh trong các chủng H. pylori trong quá trình thích nghi in vivo với các điều kiện có lợi cho quá trình sinh ung thư dạ dày
6Mục tiêuCác chủng H. pylori được nuôi cấy trên môi trường thạch đặc không chọn lọcTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 300 bp)Zhang và cộng sự[152]
So sánh quy trình đồng nhất hóa và phân hủy bằng enzym để chiết xuất DNA từ sinh thiết dạ dày, thực quản và đại trực tràng và khảo sát thành phần và thành phần vi sinh vật bằng cách sử dụng giải trình tự toàn bộ bộ gen
Phát hiện chính
Cả hai phương pháp đều không chứng minh được việc chiết xuất ưu tiên bất kỳ nhóm vi khuẩn cụ thể nào, cũng như không làm thay đổi đáng kể việc phát hiện các sinh vật Gram dương hoặc Gram âm. Tuy nhiên, mặc dù thành phần cộng đồng vi sinh vật tổng thể vẫn rất giống nhau và các vi khuẩn phổ biến nhất có thể được phát hiện một cách hiệu quả bằng cách sử dụng cả hai phương pháp, nhưng cấu trúc quần xã chính xác và sự phong phú của vi sinh vật giữa hai phương pháp là khác nhau. Phương pháp chiết xuất đồng nhất cung cấp hàm lượng DNA vi sinh vật cao hơn và số lượng đọc cao hơn từ các mẫu sinh thiết mô người của đường tiêu hóa
7Mục tiêuCác chủng H. pylori được phân lập từ sinh thiết dạ dày của bệnh nhân bị chứng khó tiêuTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 300 bp)Kumar và cộng sự[153]
Giải trình tự toàn bộ bộ gen và phân tích so sánh ba chủng H. pylori được phân lập từ ba bệnh nhân Ả Rập
Phát hiện chính
Ba bộ gen được nhóm lại cùng với các chủng HpEurope trong cây phát sinh loài bao gồm các dòng H. pylori khác nhau. Ba bộ gen sở hữu một hòn đảo gây bệnh cag hoàn chỉnh với mô típ EPIYA loại AB-C
8Mục tiêuCác chủng H. pylori được phân lập từ các mẫu sinh thiết dạ dày của bệnh nhân viêm dạ dày mãn tính, loét dạ dày, loét tá tràng và ung thư dạ dày.Trình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 300 bp)Ogawa và cộng sự[101]
Đặc điểm của cagL và cagI ở H. pylori được phân lập từ những bệnh nhân ở Đông Nam Á bị viêm dạ dày mãn tính, loét dạ dày, loét tá tràng và ung thư dạ dày
Phát hiện chính
Các mô típ CagL được bảo tồn cao trong các chủng H.pylori. CagL E59 và I234 ở mô típ đầu C phổ biến hơn ở các chủng H.pylori từ bệnh nhân ung thư dạ dày. Mô típ đầu cuối CagI được bảo tồn hoàn toàn trên tất cả các phân lập H. pylori
9Mục tiêuCác chủng H. pylori được phân lập từ các mẫu sinh thiết dạ dày của những bệnh nhân mắc chứng khó tiêu không do loét, loét dạ dày và loét tá tràngTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 150 bp)Silva và cộng sự[102]
Đặc điểm của sự biểu hiện của các gen virB, mã hóa các bộ phận của hệ thống bài tiết loại IV (T4SS) / Đảo vi khuẩn gây bệnh, ở các chủng H.pylori được phân lập từ các bệnh nhân phương Tây có các khối u ác tính đường tiêu hóa khác nhau
Phát hiện chính
Vùng trải dài từ virB2 đến virB10 tạo nên một operon, mà sự biểu hiện của nó được tăng lên ở phần vi khuẩn bám dính trong quá trình lây nhiễm, cũng như ở cả phần kết dính và không kết dính ở điều kiện axit.
10Mục tiêuNuôi cấy H. pylori từ các mẫu sinh thiết dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina HiScanSQ (Illumina; 2 × 100 bp)Thorell và cộng sự[154]
Đặc điểm của các chủng H. pylori được phân lập ở Nicaragua
Phát hiện chính
Các phân lập Nicaraguan cho thấy mối quan hệ phát sinh loài với các phân lập H. pylori ở Tây Phi khi so sánh toàn bộ trình tự bộ gen và với các phân lập ở Tây và đô thị Nam và Trung Mỹ bằng cách sử dụng phân tích trình tự đa locus. Phần lớn (77%) các chủng phân lập mang gen độc lực liên quan đến ung thư cagA và cũng là alen s1 / i1 / m1 của gen cytotoxin không bào có liên quan đến việc tăng mức độ nghiêm trọng của bệnh. Hơn nữa, người ta nhận thấy rằng các chủng phân lập Nicaraguan có biến thể kết dính liên kết nhóm máu (babA) rất giống với các trình tự babA đã được báo cáo trước đây từ các phân lập H. pylori ở Châu Mỹ La tinh.
11Mục tiêuDòng tham chiếu H. pylori 26695, đột biến xóa đảo gây bệnh cagA và Cag được nuôi cấyTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Wong và cộng sự[105]
Đặc điểm của các gen liên quan đến sự hình thành màng sinh học ở H. pylori
Phát hiện chính
Các gen được xác định có liên quan đến sự hình thành màng sinh học ở H. pylori bao gồm alpha (1,3) -fucosyltransferase, protein hình sao, 3 protein giả thuyết, protein màng ngoài và protein đảo Cag gây bệnh (CagPAI). Những gen này đóng một vai trò trong hoạt động của vi khuẩn, tổng hợp lipopolysaccharide, tổng hợp kháng nguyên Lewis, kết dính và / hoặc hệ thống bài tiết loại IV (T4SS). Việc xóa cagA và CagPAI xác nhận rằng CagA và T4SS có liên quan đến sự hình thành màng sinh học của H.pylori
12Mục tiêuH. pylori được phân lập từ mẫu sinh thiết kháng vi khuẩn qua nội soi dạ dày của một bệnh nhân bị viêm dạ dày mãn tínhTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 150 bp)Cao và cộng sự[155]
H. pylori được phân lập từ mẫu sinh thiết kháng vi khuẩn qua nội soi dạ dày của một bệnh nhân nam 53 tuổi bị viêm dạ dày mãn tính. Giải trình tự toàn bộ bộ gen đã được áp dụng cho các dòng phân lập này và các công cụ định dạng sinh học được sử dụng để điều tra sự tiến hóa bên trong vật chủ của các dòng H. pylori.
Phát hiện chính
Bộ gen của H. pylori chia thành hai nhóm, phản ánh sự xâm chiếm dạ dày của hai chủng khác biệt. Các dòng họ đã tích lũy được sự đa dạng trong quá trình tiến hóa ước tính 2,8 và 4,2 năm. Khoảng 150 sự kiện tái tổ hợp rõ ràng giữa hai nhóm đã được tìm thấy. Trình tự tổ tiên được truyền nhiễm cũng cho thấy bằng chứng về sự tái tổ hợp giữa hai chủng trước khi đa dạng hóa, và người ta ước tính rằng cả hai đều đã lây nhiễm cho cùng một vật chủ trong ít nhất 12 năm
13Mục tiêuMười chín chủng vi khuẩn H. pylori được phân lập lâm sàng được phân lập từ các mẫu sinh thiết biểu mô dạ dàyTrình tự trên nền tảng Illumina MiSeq (Illumina; 2 × 300 bp)Iwamoto và cộng sự[131]
Giải trình tự toàn bộ bộ gen của 12 chủng H. pylori kháng clarithromycin và 7 chủng H. pylori nhạy cảm đã được thực hiện để xác định các yếu tố di truyền mới làm giảm tính nhạy cảm với clarithromycin
Phát hiện chính
Ở các chủng H.pylori kháng clarithromycin, đột biến điểm cụ thể trên gen 23S rRNA đã được tìm thấy. Ngoài ra, các biến thể di truyền của bốn cụm gen (hp0605-hp0607, hp0971-hp0969, hp1327-hp1329, and hp1489-hp1487) của các máy bơm dòng chảy tương đồng, trước đây có liên quan đến việc kháng đa thuốc, đã được tìm thấy
14Mục tiêuChủng tham chiếu H. pylori 26695 được sử dụng làm chủng tham chiếu nhạy cảm với amoxicillin và là chủng cha mẹ để tạo ra các chủng H. pylori kháng trong ống nghiệmGiải trình tự trên Máy phân tích bộ gen Illumina (Illumina)Qureshi và cộng sự[130]
Điều tra sự xuất hiện của các đột biến di truyền góp phần vào việc đề kháng amoxicillin ở H.pylori khi tiếp xúc với nồng độ amoxicillin ngày càng tăng trong ống nghiệm
Phát hiện chính
Sử dụng phương pháp giải trình tự toàn bộ bộ gen, các đột biến trong một số gen đã được xác định, đặc biệt là pbp1, pbp2, hefC, hopC và hofH. Các đột biến ở pbp1, hefC, hopC, hofH, và có thể là pbp2, đã góp phần vào việc kháng amoxicillin mức độ cao của H. pylori
15Mục tiêuChủng tham chiếu H. pylori 26695 và chủng H. pylori J99 được nuôi cấy trên môi trường thạch không chọn lọc đặcTrình tự trên PGM (Ion Torrent, Thermo Fischer Scientific, Hoa Kỳ) và nền tảng Illumina MiSeq (Illumina)Perkins và cộng sự[156]
Giải trình tự thế hệ tiếp theo của các chủng tham chiếu H. pylori J99 và 26695 và phân tích định dạng sinh học của dữ liệu giải trình tự bằng cách sử dụng các thuật toán có sẵn công khai. Độ chính xác của các tập hợp trình tự mã hóa được so sánh với các trình tự được xuất bản ban đầu
Phát hiện chính
Với Ion Torrent PGM, tỷ lệ lỗi vốn có cao trong dữ liệu giải trình tự thô đã được tìm thấy. Với Illumina MiSeq, số lượng nucleotide không được bao phủ nhiều hơn đáng kể khi sử dụng Illumina Nextera XT so với phương pháp chuẩn bị thư viện Illumina Nextera. Các cụm de novo chính xác nhất được tìm thấy khi sử dụng công nghệ Nextera. Tuy nhiên, việc trích xuất một loại trình tự đa locus chính xác không phù hợp so với Ion Torrent PGM. Đảo vi khuẩn gây bệnh Cag không thể tập hợp vào một khuôn hình duy nhất trong tất cả các công nghệ nhưng chính xác hơn khi sử dụng công nghệ Nextera. Phương pháp Illumina MiSeq Nextera được coi là phương pháp chính xác nhất để xác định trình tự toàn bộ bộ gen của H. pylori và tổ hợp de novo của bộ gen của nó

Phương pháp của họ, phương pháp giải trình tự được sử dụng và phát hiện chính được mô tả ngắn gọn trong bảng. H. pylori: Helicobacter pylori.

facebook
33

Bài viết liên quan

Thuốc liên quan

Bình luận0

Đăng ký
Thông báo về
guest
0 Comments
Inline Feedbacks
Xem tất cả bình luận

Bài viết cùng chuyên gia

tra-cuu-thuoc

THÔNG TIN THUỐC

TRA CỨU NGAY