Bệnh nấm phổi thường là hậu quả của một tình trạng suy giảm miễn dịch: HIV, sử dụng các thuốc ức chế miễn dịch như hóa chất điều trị ung thư, corticoid kéo dài, thuốc chống thải ghép, bệnh hệ thống hoặc nấm phát triển trên nền của một tổn thương phổi có trước như hang lao, giãn phế quản. Hiện nay điều trị nấm phổi dựa vào các nhóm thuốc chính đó là Polyens (amphotericin B), triazole phổ rộng và echinocandins.
