Bệnh nấm phổi thường là hậu quả của một tình trạng suy giảm miễn dịch: HIV, sử dụng các thuốc ức chế miễn dịch như hóa chất điều trị ung thư, corticoid kéo dài, thuốc chống thải ghép, bệnh hệ thống hoặc nấm phát triển trên nền của một tổn thương phổi có trước như hang lao, giãn phế quản. Người ta phân biệt 2 loại chính: nhiễm nấm cổ điển (Crytococcus, Histoplasmoses), nhiễm nấm cơ hội (Candida, Aspergillus). Ba loại nấm gây bệnh ở phổi thường gặp nhất: Aspergillus, Candida và Cryptococcus.
