BSCK II Phan Thanh Nguyên đã có hơn 15 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực Ngoại tiêu hóa, đặc biệt có chuyên môn sâu về phẫu thuật nội soi điều trị các bệnh lý: ung thư dạ dày, ung thư đại - trực tràng, sỏi túi mật, sỏi đường mật, viêm túi mật cấp do sỏi, trĩ, rectocele, sa sàn chậu, cắt trĩ phương pháp Longo, thủng dạ dày, viêm ruột thừa, viêm túi mật cấp, viêm phúc mạc, áp xe ruột thừa trong ổ bụng.
Ngoài ra, ông còn tích cực tham gia các hiệp hội trong nước và ngoài nước như: Hội Ngoại khoa Việt Nam, Hội Nội soi và Phẫu thuật nội soi Việt Nam, Hội Phẫu thuật nội soi châu Á (ELSA).
Hiện tại, BSCK II Phan Thanh Nguyên đang giữ chức vụ là bác sĩ Ngoại tiêu hóa công tác tại khoa Ngoại tổng hợp - Bệnh viện Đa khoa Quốc tế Vinmec Central Park.
Bác sĩ tại khoa Tiêu hóa - Gan mật - Bệnh viện Hoàn Mỹ Sài Gòn
Bác sĩ khoa Ngoại tổng hợp - Bệnh viện Đa khoa Quốc tế Vinmec Central Park
Tốt nghiệp Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh năm 2002 - Chuyên ngành Y đa khoa
Tốt nghiệp CK I tại Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh năm 2006 - Chuyên ngành Ngoại tổng quát
Tốt nghiệp CK II tại Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh năm 2014 - Chuyên ngành Ngoại tổng quát
Luận văn Tốt nghiệp CK II Phẫu thuật nội soi điều trị áp xe ruột thừa trong ổ bụng
Năm 2006: Bồi dưỡng sau đại học về Phẫu thuật nội soi ổ bụng tại Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh
Năm 2009: Tập huấn phẫu thuật nội soi nâng cao chuyên đề Sỏi đường mật tại Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh
Năm 2006: Phẫu thuật ít xâm hại trong điều trị ung thư dạ dày tại Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh
Năm 2005: Phẫu thuật nội soi điều trị ung thư đại - trực tràng tại Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh
Năm 2006: Phẫu thuật điều trị thoát vị bẹn và thoát vị thành bụng tại Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh
Năm 2012: Đào tạo chuyên sâu về Phẫu thuật điều trị bệnh trĩ, đặc biệt cắt trĩ bằng phương pháp Longo tại Bệnh viện Đại học Quốc gia (NUH) Singapore
Hội Ngoại khoa Việt Nam
Hội Nội soi và Phẫu thuật nội soi Việt Nam
Hội Phẫu thuật nội soi châu Á (ELSA)
