Nghiên cứu về “Tám gen mới được phát hiện ở chủng vi khuẩn đa kháng Acinetobacter baumannii DMS06669 tại một bệnh viện Việt Nam.” đã được đăng tải trên tạp chí Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials 2017; 16(1):74

Ngày xuất bản: 14/11/2017

Đơn vị công tác:

1. Bộ môn Công nghệ Sinh học, Khoa Kỹ thuật Hóa học, Trường Đại học Bách khoa Thành phố Hồ Chí Minh, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam. nsituan@gmail.com.
2. Phòng xét nghiệm Y học phân tử, Khoa Vi sinh Y học, Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất Đồng Nai, Thành phố Biên Hòa – Tỉnh Đồng Nai, Việt Nam. nsituan@gmail.com.
3. Khoa Hóa Sinh, Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất Đồng Nai, Thành phố Biên Hòa – Tỉnh Đồng Nai, Việt Nam.
4. Bộ môn Công nghệ Sinh học, Khoa Kỹ thuật Hóa học, Trường Đại học Bách Khoa Thành phố Hồ Chí Minh, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam.
5. Bộ môn Vi sinh, Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Thành phố Hồ Chí Minh, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam.
6. Phòng Tin sinh học và Thống kê Y tế, Viện Nghiên cứu Tế bào gốc và Công nghệ gen Vinmec, Hà Nội, Việt Nam.
7. Hội Bác sĩ Vi sinh Lâm sàng Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam.

Tóm tắt:

Tổng quan: Acinetobacter baumannii là tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện quan trọng với khả năng phát triển các cơ chế đa kháng thuốc. Trong nghiên cứu này, chúng tôi giải mã hệ gen chủng A. baumannii DMS06669 (được phân lập từ đờm của một bệnh nhân nam bị viêm phổi bệnh viện) và tập trung vào việc xác định các gen liên quan đến sự đề kháng kháng sinh.

Phương pháp: Giải mã toàn bộ bộ gen của vi khuẩn A. baumannii DMS06669 từ bệnh nhân viêm phổi bệnh viện bao gồm lắp ráp de novo (de novo assembly); dự đoán gen (gene prediction); chú giải chức năng cho cơ sở dữ liệu công khai (functional annotation to public databases); xây dựng mô hình cây phân loại và xác định những gen kháng kháng sinh.

Kết quả: Sau khi giải trình tự bộ gen của vi khuẩn A. baumannii DMS06669 và thực hiện kiểm tra chất lượng, việc lắp ráp de novo đã được thực hiện, cho tổng cộng 24 khung sinh học (scaffolds). Cơ sở dữ liệu công khai được sử dụng để dự đoán gen và xây dựng cây phát sinh loài của chủng DMS066 so với 21 chủng A. baumannii khác nhau. Kết quả ghi nhận có tổng cộng 18 gen kháng kháng sinh, liên quan tới sự đề kháng với 8 nhóm kháng sinh khác nhau. Tám trong số các gen này chưa từng được ghi nhận ở A. baumannii trước đây.

Kết luận: Các kết quả được thiết lập trong nghiên cứu của chúng tôi cung cấp thông tin quan trọng liên quan đến các cơ chế kháng kháng sinh, có thể tồn tại ở chủng DMS06669 và có ý nghĩa trong việc điều trị bệnh nhân bị nhiễm vi khuẩn A. baumannii.

• PMID: 29137647
• PMCID: PMC5686800
• DOI: 10.1186/s12941-017-0250-9

Từ khóa: Acinetobacter baumannii, Dự thảo lắp ghép hệ gen (Draft genome assembly), Đa kháng thuốc (Multidrug resistance), Công nghệ giải trình tự thế hệ gen mới (Next generation sequencing).

Được trích dẫn: 

Phân lập lâm sàng toàn bộ chuỗi gen của chủng vi khuẩn toàn kháng Acinetobacter baumannii ST1890

Wongsuk T, Boonsilp S, Homkaew A, Thananon K, Oonanant W. PLoS One. 2022 Mar 9;17(3):e0264374. doi: 10.1371/journal.pone.0264374. eCollection 2022.

PMID: 35263355

Để đọc chi tiết bài nghiên cứu, vui lòng truy cập tại đây.

0