Đặc điểm bộ gen, phát sinh loài toàn bộ bộ gen và phân tích bộ gen so sánh của chủng vi khuẩn Acinetobacter baumannii do thở máy do kháng thuốc cực đoan tại một bệnh viện Việt Nam.

Ngày xuất bản: 18/05/2022

Nhóm tác giả: Nguyen Si-Tuan , Hua My Ngoc , Le Duy Nhat , Cuong Nguyen , Huy Quang Pham , Nguyen Thuy Huong.

Ngày đăng tải: tháng 6 năm 2020

Đã được đăng tải trên tạp chí: Infection, Genetics and Evolution: Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics of Infectious Diseases tập 89.

Đơn vị công tác

Đơn vị Công nghệ sinh học, Khoa Công nghệ hóa học, Đại học Bách khoa, Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam; Khoa Vi sinh Y học, Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất tỉnh Đồng Nai, Việt Nam
Khoa Hóa sinh Y học, Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất tỉnh Đồng Nai, Việt Nam
Khoa Vi sinh Y học, Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất tỉnh Đồng Nai, Việt Nam
Trung tâm Công nghệ cao Vinmec, Hà Nội, Việt Nam
Trường Ứng dụng Khoa học Y sinh, Trường cao đẳng Khoa học Sức khỏe và Nông nghiệp, Đại học Quốc gia Kyungpook, Daegu, Hàn Quốc.
Đơn vị Công nghệ sinh học, Khoa Công nghệ hóa học, Đại học Bách khoa, Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam

Tóm tắt

Mục đích: Acinetobacter baumannii là nguyên nhân chính gây viêm phổi do máy thở (VAP) trên toàn thế giới do khả năng đặc biệt của vi khuẩn này giúp nhanh chóng tích lũy các cơ chế kháng thuốc kháng lại nhiều thuốc kháng sinh. Chúng tôi đã tìm cách khám phá các đặc điểm bộ gen của mầm bệnh này từ một mẫu đờm của một bệnh nhân nam mắc VAP.

Phương pháp: Phân tích toàn bộ bộ gen của A. baumannii DMS06670 bao gồm cụm đột biến de novo (đột biến xuất hiện trong quá trình bào thai); đánh dấu chức năng, phân tích phát sinh chủng loại toàn bộ gen, xác định gen kháng sinh, các vùng prophage, yếu tố độc lực và phân tích toàn bộ gen.

Kết quả: Việc lắp ráp các trình tự đoạn gen ngắn của toàn bộ gen chủng DMS06670 cho kích thước bộ gen ước tính là 3,8 Mb với loại trình tự 447. Đánh dấu chức năng và phân tích cụm protein có trình tự tương đồng đã xác định một số gen kháng kháng sinh tiềm năng được tiến hành (với 1 gen mới), các vùng prophage, các yếu tố độc lực. Phân tích các cụm nhóm trình tự tương đồng (COG) trong trình tự protein của chủng A. baumannii được so sánh với năm bộ gen khác cho thấy rằng các cụm trình tự protein tương đồng đóng vai trò cho sự xuất hiện khả năng đa kháng thuốc bên trong các chủng kháng kháng sinh mạnh. Phân tích phát sinh chủng loài toàn bộ gen và trong phân tích trình tự đa điểm (MLST) mô phỏng máy tính (in silico) cho thấy rằng chủng A. baumannii này nằm trong cùng một nhánh với các chủng LAC-4 và BJAB0715. Phân tích so sánh 23 bộ gen sẵn có của A. baumannii cho thấy một bộ gen bao gồm 15.883 gen.

Kết luận: Các phát hiện của chúng tôi đưa ra góc nhìn về các gen liên quan đến độc lực và sau đó so sánh với bộ gen của các chủng A. baumannii khác bằng cách tính toán các giá trị ANI và phân tích toàn bộ gen. Các nghiên cứu chức năng của các mầm bệnh này là cần thiết để xác nhận những phát hiện này.

Từ khóa: chủng A. baumannii; so sánh bộ gen; đặc tính bộ gen; phát sinh chủng loại toàn bộ gen